Заговор возглавлял 25-летний сельский сквайр Энтони Бабингтон. Тайно воспитанный в католической вере, он когда-то служил пажом графа Шрусбери, тюремщика Марии. Не исключено, что именно тогда он был очарован прекрасной королевой. Летом 1586 года он начал писать Марии о своих планах спасти ее и устранить королеву Елизавету. Агенты Уолсингема перехватывали их переписку, но, прочитав обличающие документы, снова запечатывали их и направляли но адресу. К письму Марии от 17 июля сэр Фрэнсис сделал поддельную приписку с просьбой назвать сообщников Бабингтона. Один из них, священник Джон Боллард, был арестован 4 августа. Под пыткой он назвал остальных. Через 10 дней Бабингтон был схвачен. В середине сентября заговорщиков судили, вынесли им приговор и казнили.
Теперь у Елизаветы был предлог для того, чтобы устранить беспокойную царственную узницу. Мария предстала перед судом и была признана виновной в одобрении заговора с целью убить королеву. 8 февраля 1587 года она была казнена в большом зале замка Фотерингей.
Человек, который слишком много знал
Если Марло обвинялся в богохульстве, то почему его отпустили на свободу? Почему его не стали пытать, как Кида, чтобы вырвать признание в ужасном преступлении? Почему вместо этого ему дали возможность встретиться со столь сомнительными личностями 30 мая?
Полагают, что в секретную службу Уолсингема проникли двойные агенты - люди, уверявшие, что служат королеве, а в действительности мечтавшие о ее замене католическим монархом. Среди таких двойных агентов был Роберт Поули, попавший в тюрьму после заговора Бабингтона, но выпущенный на свободу и вновь принятый в ряды секретной службы. Возможно, Марло знал, что Поули продолжает свою предательскую деятельность; под пыткой он мог сломаться и назвать имя Поули и других предателей Елизаветы. Может быть, ради их безопасности Марло необходимо было убрать. Не в этом ли крылась причина гулянки в Дептфорде? Не была ли пьяная драка тщательно отрепетированным убийством? А может, в тот вечер Марло вовсе не был жертвой?
В 1955 году писатель Кальвин Гофман выдвинул теорию, согласно которой заговорщики, в их число входил и сам Марло, заманили в дептфордскую гостиницу безымянного моряка, убили его и состряпали историю о гибели Марло в драке - после чего Марло взял себе новое имя - Уильям Шекспир - и в последующую четверть века продолжал писать принесшие ему бессмертие пьесы. Несмотря на то что конец карьеры Кристофера Марло совпадает с началом успеха Шекспира, ученые единодушно отвергли теорию Гофмана как маловероятную.