Когда вспыхнула забастовка 1903 года, Василий энергично снимал с работы еще не забастовавших рабочих, был впереди во всех столкновениях с полицией, горячо призывал забастовщиков к борьбе, к насилию. За эту забастовку он одним из первых был выброшен из мастерских.
Позже он поступает в печной завод Бельгийского общества в Нижне-Днепровске. Здесь он уживается недолго: в качестве делегата от рабочих Василий вступает в переговоры с администрацией завода, желающей понизить задельную плату. Происходит столкновением с мастером, и Василий снова на улице.
Долго после этого он ходит без работы, но все же его мысли всецело посвящены революционной деятельности.
Наконец, его принимают в паровозное депо станции Гришино Екатерининской жел. дороги. С первого же дня он отдается пропаганде: устраивает кружки, печатает прокламации, стремится организовать тайный рабочий союз. Последнее ему удается плохо. Среди всех рабочих он почти единственный устойчивый революционер. Полиция же начинает зорко следить за каждым шагом рабочих. Наконец, после одной особенно резкой прокламации, жандармы нагрянули к нему на квартиру. Но заранее предупрежденный Бабешко благополучно скрывается со станции Гришино. К этому же времени относятся его первые спорные столкновения с партией С.-Р., в которой он, однако, продолжает оставаться.
После этого Василий работает в главных жел.-дор. мастерских гор. Александровска. Здесь он остается вплоть до декабрьского восстания 1905 г. С первых же минут и до подавления восстания Василий занимался изготовлением и метанием бомб. Появляясь со своими бомбами на самых опасных местах, он силился придать революции возможно более широкий размах. На этой почве у него происходили нескончаемые трения с партией. Наконец, после одного «глупого», по словам Василия, распоряжения комитета партии, он заявил, что не будет считаться с партийной дисциплиной и тактикой. Василий сорганизовал вокруг себя кружок и стал действовать вполне самостоятельно, но и в это время он все еще считал себя социалистом-революционером.
После подавления декабрьского восстания, почти всех активных участников его рассчитали и отдали под суд, но Василий удачно избежал ареста и вновь переехал в Екатеринослав.
К этому времени в среде сознательных рабочих идет сильное брожение против политических партий. Многие из них откалываются от старых организаций и входят в группы А.-К. или организуются новые. Среди таких и Василий Бабешко.
На заводе Шодуара, на Амуре он встречается с рабочими-анархистами. Здесь идет тщательное обсуждение целей и тактики с.-ров. В середине 1906 г. Василий окончательно уходит из партии социалистов-революционеров, объявляя ей, как и остальным партиям буржуазии непримиримую войну.