После победы революции и восстановления конституции 1876 года Энвер отправился с дипломатической миссией в Берлин. В 1909 году он был назначен военным атташе в Берлине и пробыл там ещё два года. Время, проведённое в Германии, сделало Энвера убежденным германофилом. Особенно его восхищала немецкая армия: её дисциплинированность, уровень подготовки и вооружение».
Поражение Османской империи в ходе Итало-турецкой войны 1911–1912 годов привело к падению популярности младотурок. В июле 1912 году в стране произошел переворот, который возглавила партия «Хюрриет ве итиляф» («Свобода и согласие»). Её представители встали во главе правительства, а в августе был распущен меджлис (парламент), в котором доминировали младотурки[11].
В январе 1913 года Энвер осуществил государственный переворот, приведший к свержению правительства Кямиля-паши. После переворота установил военную диктатуру «трех пашей» — вместе с Талаат-пашой и Джемаль-пашой образовал неофициальный триумвират, фактически захвативший всю власть в Турции. Занявший пост военного министра Энвер продвигал идеологию пантюркизма и панисламизма. Был сторонником искоренения христианского населения (в частности, армян и ливанцев) на территории Оттоманской империи.
В 1914 году Энвер выступил за военный союз Турции с Германией и содействовал вовлечению Турции в Первую мировую войну. Во время войны занимал высший военный пост заместителя главнокомандующего (главнокомандующим формально числился султан).
В 1914–1917 годах большевики (в полном соответствии с лозунгом «Поражения своего правительства в войне») негласно поддерживали пантюркистский политический проект «Туран Йолу» (Дорога в Туран). Оный проект курировали военные преступники Энвер-паша, Талаат-паша, Назым-бей и Ахмед Агаев. Конечной целью пантюркистов было убедить тюркоязычное население Кавказа, Ирана, Крыма, Поволжья и Туркестана отделиться от России или Ирана — и присоединиться к новой мега-державе «Туран». Одним из живых препятствий к реализации данного проекта оказался армянский народ.
Энвер-паша вместе с Талаат-пашой и Джемаль-пашой был одним из главных организаторов геноцида армян, геноцида греков и геноцида ассирийцев в Османской империи во время Первой мировой войны.[12]
После подписания Турцией Мудросского перемирия в 1918 году Энвер вместе с Талаат-пашой и Джемаль-пашой бежал в Германию на немецкой подводной лодке, где жил под псевдонимом Али-бей. В его отсутствие послевоенный трибунал в Стамбуле судил Энвера и заочно приговорил его к смертной казни.
В 1919 году Энвер встретился в Германии с коммунистом Карлом Радеком, представляющим Советскую Россию. Он решил вступить в прямой, официальный контакт с российскими большевиками и использовать каналы связей между немецкими военными кругами и большевиками, с целью организовать и возглавить в Средней Азии борьбу против Великобритании.