Макаров, зная коварство японцев, пристально следил за событиями и, узнав, что Япония разорвала дипломатические отношения с Россией, предупредил вечером 26 января 1904 года морского министра:
«Если мы не поставим теперь же во внутренний бассейн флот, то мы принуждены будем сделать это после первой же ночной атаки, дорого заплатив за ошибку».
В Порт-Артуре командующий эскадрой не раз докладывал наместнику царя, внебрачному сыну Александра II, адмиралу Е. Алексееву, о необходимости повысить боевую готовность, но своенравный и надменный наместник неизменно отказывал и говорил: «Преждевременно». Ночью 27 января японцы без объявления войны вероломно атаковали стоявшую на внешнем рейде Порт-Артура русскую эскадру и вывели из строя 3 броненосца. Одновременно 6 японских крейсеров и 8 миноносцев вломились в нейтральный порт Чемульпо, блокировали стоявший там крейсер «Варяг» и канонерскую лодку «Кореец». Русским кораблям предложили ультиматум — сдаться в плен. Оба корабля подняли пары и двинулись в атаку на японцев.
После трёхчасового неравного боя «Варяг» нанёс тяжёлые повреждения крейсеру «Такашихо», но огонь японской эскадры вывел из строя все орудия крейсера. Командир «Варяга», капитан 1-го ранга Руднев, предпочёл затопить крейсер, но не сдавать врагу, а канлодку «Кореец» взорвал.
1 февраля морской министр Авелан сообщил Макарову, что он назначен командующим флотом на Тихом океане. Сразу же Макаров начал готовиться к отъезду, не ожидая поступления официального приказа. За два-три дня создал свой штаб из дельных офицеров. Пригласил бывшего командира «Ермака» капдва М. Васильева, минного офицера К. Шульца с «Витязя», полковника Генштаба А. Агапеева. Для ремонта повреждённых кораблей в Порт-Артуре с Макаровым отправилась группа опытных мастеров с Обуховского и Балтийского заводов.
Утром 24 февраля Макаров прибыл в Порт-Артур и сразу направился на крейсер «Аскольд». Первым делом он побывал на повреждённых броненосцах «Ретвизан» и «Цесаревич», ускорил их ремонт.
Обстановка на море сложилась в пользу превосходящих сил японцев. Однако Макаров определил сразу же главную задачу — флот должен не только оборонять Порт-Артур, но и атаковать неприятеля. Японский адмирал Того, который намеревался блокировать русскую эскадру в Порт-Артуре, вскоре понял, что с появлением нового флагмана его планы рушатся. Спустя два дня после приезда Макаров вышел в море, и японцы, до этого безнаказанно шнырявшие около Порт-Артура, опешили. Макаров за два дня в корне реорганизовал дозорную службу.
Уже 25 февраля отряд русских миноносцев вступил в бой и повредил миноносец «Акацуки». Начали действовать инструкции и требования Макарова.