В Донском устье на случай нападения турок по приказу Апраксина перекрывались наглухо сваями и цепями все рукава, кроме северного, Кутюрьмы. Таганрог и Троицкая крепость вскоре опоясались каменной стеной с бойницами.
В течение шести лет деятельность Апраксина была сосредоточена преимущественно в Воронеже, где сооружался флот для Азовского моря. Кроме постройки судов и снабжения их всем необходимым, на нем лежала забота о проводке их в Азов, об устройстве верфей, пушечного завода в селе Липцах, заведения адмиралтейства и доков в Таврове, о постройке гавани и укреплений в Таганроге, об углублении мелководных устьев Дона и о производстве гидрографических работ для исследования незнакомого моря.
Очередная ступень службы Фёдора Апраксина возникла неожиданно и навсегда связала его судьбу с флотом. Из письма царя в августе 1706 года о внезапной кончине генерал-адмирала Фёдора Головнина: «Хотя б никогда сего я вам не желал писать, однако воля Всемогущего на то нас понудила». Апраксину, ближайшему соратнику Ф. Головина, поручил царь проводить его в последний путь.
«Доношу, — писал Апраксин, — Вашему Величеству: письмо ваше из Киева 2 числа сего месяца получил, в котором изволил мне объявить о смерти превосходительнейшего г. Адмирала моего особливого благодетеля Фёдора Алексеевича, о котором сердечно болю и плачу…»
Вскоре после похорон Ф. Головина вышел царский указ: «Адмиралтейца Фёдора Матвеевича Апраксина во всех его государевых указах и в приказных делах писать Адмиралом и Президентом Адмиралтейства».
Никогда не старался Апраксин выскакивать вперёд, перебегать кому-нибудь дорогу, добросовестно трудился, старался делать всё по совести, чтобы прежде всего не было стыдно перед самим собой. Теперь жизнь ставила его на ту ступень военной службы, где ты всегда на виду, где каждое слово твоё воплощается в действие людей в морской форме. От того, насколько точно и верно отдана команда на корабле, зависит подчас судьба и жизнь сотен людей. И не только на войне. И в буднее время корабль постоянно живёт в борьбе со стихией, коварной и часто непредсказуемой. Поэтому командиру в море ошибаться заказано…
Отныне Апраксин, кроме прежних обязанностей, стал командовать Балтийским флотом, возглавил Воинский морской приказ, Навигацкую школу в Москве.
К Петербургу новый командир флота, Апраксин, подъезжал при сплошном грохоте ломающегося льда на Неве. Весна 1707 года вступила в свои права. Апраксин заранее предупредил Крюйса, командующего эскадрой:
— Свой флаг я подниму на фрегате «Олифант», и ты, Корнелий Иванович, подбери себе другого флагмана.