Кириенко был вынужден оставить все дела и спешно вылететь этот регион, превратившийся в настоящую пороховую бочку. После возвращения из Кузбасса он принял делегацию шахтеров и не без помощи Путина сумел несколько разрядить ситуацию и предотвратить социальный взрыв. В итоге горняки согласились убрать пикеты с подступов к Белому дому и железнодорожных путей.
В июле 1998 года за проявление симпатий к Лужкову был уволен Сергей Шахрай. Он не только долгое время исполнял обязанности советника Ельцина по юридическим вопросам, но и возглавлял постоянную Комиссию по разграничению полномочий и предметов ведения между Центром и регионами. Его место занял Путин, в неполные сорок шесть лет ставший внезапно чиновником очень высокого ранга. Кремль фактически поручил ему отслеживать социально-политическую ситуацию в каждом из 89 субъектов Российской Федерации. Но без поддержки сорокалетнего Валентина Юмашева, своего непосредственного руководителя и доверенного лица Березовского, Путину вряд ли бы удалось так близко подобраться к вершине властной пирамиды. Ведь он теперь получил свободный доступ к президенту, объявившему сохранение единства России одной из главных задач. Путин быстро выработал в себе привычку регулярно наведываться с инспекциями на подведомственные территории, установил личные контакты со многими влиятельными не только у себя на родине региональными лидерами и в случае необходимости умело «вправлял им мозги».
За время пребывания в новой должности Путин получил четкое представление об истинном состоянии государственной власти на региональном уровне. Понимая, что без соответствующих административных рычагов невозможно заставить глав исполнительной власти на местах выполнять указания Кремля, он убедил Ельцина предоставить ему широкие полномочия и принялся «набирать кадры» из бывших сослуживцев по КГБ и Санкт-Петербургской мэрии.
В мае 1998 года Путин добился назначения начальником Контрольного управления своего сверстника, будущего директора ФСБ Николая Патрушева. С 1975 года они вместе служили в облицованном гранитом здании на Литейном проспекте. Потом Патрушев переехал в столицу и в 1994 году возглавил сверхсекретное Управление собственной безопасности ФСБ, то есть занялся выявлением агентов иностранных разведок и предателей в рядах его сотрудников. Позднее он получил повышение и стал начальником управления кадров этой силовой структуры.
Между тем на Россию неудержимо надвигался финансовый кризис, поставивший под угрозу само существование государства. Никогда со времен распада Советского Союза оно не оказывалось в таком затруднительном положении. Российская экономика всецело зависела от экспорта энергоносителей, и низкие цены на нефть на мировом рынке дестабилизировали обстановку в стране. Очевидно, отвечавший в правительстве Кириенко за экономический блок вице-премьер и подчиненные ему министры не слишком разбирались в финансовой политике и толком не представляли себе, как в условиях хронической невыплаты зарплат и пенсий сочетать обеспечение стабильности финансовой системы и латание все более увеличивающихся бюджетных дыр.