По прямому указанию Ельцина первый заместитель главы его аппарата еще более усилил контроль за экономико-финансовой сферой вообще и распределением в регионах полученных от Центра дотаций в частности. В статье, опубликованной в газете «Франкфуртер Альгемайне Цайтунг», Кристина Гофман подчеркивала, что Путин, еще будучи начальником Контрольного управления, «сумел раздобыть сведения, касающиеся негативных аспектов деятельности многих губернаторов, и тем самым дал президенту возможность оказывать на них давление».
Новое назначение Путина, по его собственному признанию, не слишком его обрадовало. В 1990 году он искренне полагал, что со спецслужбами его больше ничего не связывает. После расформирования КГБ, считавшегося одним из нерушимых оплотов коммунистической системы, из него выделились пять основных подразделений. В частности, переименованное в Службу внешней разведки Первое главное управление за десять лет доказало полное право на самостоятельное существование. ФСБ, возникшее на обломках прежнего ведомства-монстра после многочисленных реорганизаций, унаследовало такие его функции, как контрразведка, борьба с экономическим шпионажем и т. д. Кроме того, в задачи новой организации входило также активное противодействие коррупции и организованной преступности. Поговаривали, правда, о связях некоторых ее сотрудников с мафиозными структурами. По мнению одного из наиболее авторитетных специалистов в этой области, Ганса-Йоахима Хоппе, изложенному в журнале «Остэуропа», ФСБ имела прямое отношение к отмыванию грязных денег и нелегальному вывозу из России капиталов.
Как известно, Путин уволился из КГБ в звании подполковника. По традиции, органы безопасности СССР и России всегда возглавляли генералы в высоких чинах. Но Путин прекрасно понимал, что присвоение ему генерального звания произведет крайне неблагоприятное впечатление на подчиненных. Ведь к этому времени он даже не числился на военной службе. Кроме того, многие опытные контрразведчики были очень недовольны тем, что их новым руководителем стал бывший офицер разведки. Некоторых из этих ветеранов Путин позднее вывел из штата или перевел на работу в провинцию.
В новой должности Путину пришлось столкнуться с целым рядом, казалось бы, неразрешимых проблем. Во-первых, вездесущий Березовский немедленно принялся утверждать, что в свое время нескольким сотрудникам ФСБ было поручено убить его. Он усиленно тиражировал эти слухи в подконтрольных ему СМИ, и противостоять этому валу «черного пиара» было очень нелегко. В конце концов проведенное по инициативе Путина служебное расследование доказало, что нет никаких оснований обвинять бывших руководителей ФСБ в намерении ликвидировать одного из самых богатых и влиятельных российских бизнесменов. Во-вторых, «семья» не скрывала, что поставила во главе одной из мощнейших силовых структур лояльного по отношению к ней человека; целью этого назначения было еще в процессе подготовки к решающей стадии «битвы за Кремль» с помощью этого человека нейтрализовать Лужкова, Зюганова и других реальных претендентов на президентское кресло.