По-прежнему на внутреннем рынке приблизительно 70 процентов всех торговых операций приходилось на бартерные сделки. Крупные экспортеры и, прежде всего, нефтегазовые концерны с конца 1998 года были обязаны обменивать на рубли большую часть валютной выручки. Но зато за ними сохранялись все прежние налоговые льготы. Нелегальный вывоз капиталов за границу после августовского кризиса значительно увеличился и достиг полутора миллиардов долларов в месяц. Так и не были разработаны единые для всех правила игры, необходимые для продолжения процесса приватизации. Несмотря на крайне напряженное положение в финансовом секторе, Центральный банк не сумел создать эффективную систему надзора за ним. По-прежнему нерегулярно выплачивалась зарплата населению. Эти факторы заставляли все политические группировки усомниться в эффективности методов работы правительства.
Однако Примаков смог заставить стремящиеся к большей независимости от Центра регионы вновь считаться с ним. Далеко не последнюю роль здесь сыграли призывы к патриотическим чувствам. Этому также способствовало разрешение главой правительства и его первым заместителем Маслюковым сложнейшей проблемы «северного завоза», правда, ценой неимоверных усилий. В частности, они добились этого путем неприкрытого давления на руководство «Газпрома» и заставили концерн в счет долгов по налогам поставить в северо-восточные регионы газ на сумму свыше миллиарда долларов.
Тем не менее, по-прежнему сохранялась опасность распада Российской Федерации. Примаков, вступая в должность, назвал борьбу с этой опасностью своей главной задачей. Но слишком слабой в экономическом, политическом и военном отношении была центральная власть, чтобы всерьез противостоять конфедералистским тенденциям. Обычно в истории России в такого рода ситуациях ответом на столь опасное развитие событий было установление авторитарного или тоталитарного режима, с помощью неприкрытого насилия восстанавливавшего сверхцентрализованное государство. В отличие от ситуации, сложившейся в 1990–1991 годах, процесс регионализации теперь был обусловлен не столько этническими и национальными, сколько экономическими мотивами.
Тогда с распадом СССР вовлеченные в этот процесс некоторые российские регионы вдохновлялись призывом Ельцина «Берите столько суверенитета, сколько сможете проглотить». Впоследствии Центр заключил с большинством субъектов Федерации договора о разграничении полномочий. Такие республики, как Татарстан, Калмыкия и Башкирия, получили гораздо больше прав, чем остальные «субъекты». В ноябре 1998 года Калмыкия сделала первый шаг к отделению и объявила себя свободноассоциируемым членом РФ. Действовавшие во многих регионах законы напрямую противоречили российской конституции. Одни губернаторы восстанавливали на своих территориях систему планового хозяйства, другие заявляли о готовности ввести частную собственность на землю. В первой половине девяностых годов губернаторов назначал президент, обеспечивая тем самым их лояльность по отношению к Москве. Позднее, после введения демократического принципа выборности региональных властей, их удерживали от сепаратистских выходок трансферы из федерального бюджета. Одновременно была предпринята попытка перевода наиболее авторитетных региональных лидеров на работу в Москву с целью превратить их в Кремле и Белом доме в «оплот державы». Именно так поступили в 1997 году с Немцовым. Опыт оказался неудачным.