При такой поддержке общественного мнения Примаков решился наконец перейти от демонстративно нейтрального отношения к отдельным финансово-промышленным группам к генеральному наступлению на позиции олигархов. Прежде всего, премьер-министр поддержал проводимое сотрудниками возглавляемой Юрием Скуратовым Генеральной прокуратуры расследование фактов коррупции, направленное против кремлевской верхушки и выявившее вопиющие факты.
В громких скандалах весны-лета 1999 года оказались замешанными многие члены «семьи», обвиненные в получении взяток и отмывании денег. Эти скандалы окончательно подорвали репутацию президента и его окружения. Благодаря сотрудничеству с генеральным прокурором Швейцарии Карлой дель Понте, Скуратов выяснил, что луганская строительная фирма «Мабитекс» заплатила высокопоставленным кремлевским чиновникам взятки на сумму в несколько миллионов долларов и получила взамен подряд на реставрацию здания Счетной палаты и Большого Кремлевского дворца. Особенно лакомыми кусками считались Белый дом и пристройка в Кремле. В связи с этим все чаще упоминался Павел Бородин, под непосредственным руководством которого Путин в свое время работал в Управлении делами.
«Пал Палыч» отвечал не только за снабжение всем необходимым президента и его команды. Он также часто помогал хозяину Кремля выпутаться из затруднительного положения. Так, в апреле 1998 года, добиваясь от Думы согласия на назначение Кириенко премьер-министром, Ельцин пообещал «учесть особые пожелания депутатов». Если быть до конца откровенным, он просто собирался подкупить большинство депутатского корпуса путем предоставления им по льготным ценам машин и квартир из «сокровищницы» Бородина. Кое-кто в окружении Скуратова утверждал, что Карла дель Понте даже передала ему номера счетов в швейцарских банках, на которых у родственников и близких Ельцину лиц накопились миллиардные суммы. В первую очередь назывались, естественно, имена Татьяны Дьяченко и Березовского.
Кремлевское руководство поспешило нанести ответный удар. Оно тут же обвинило Скуратова в коррупции, а Бордюжа положил ему на стол видеокассету, на которой генеральный прокурор был запечатлен в недвусмысленной позе с двумя проститутками. Съемки производились скрытой камерой. Скуратов немедленно заявил, что на видеопленке изображен вовсе не он. Появилась даже расхожая фраза «человек, похожий на генерального прокурора».
В конце концов скандальную видеозапись показали по государственному телевидению. Скуратов сразу же обратился за поддержкой к Совету Федерации, имеющему, согласно Конституции, единоличное право утвердить отставку генерального прокурора. К величайшему удивлению «семьи», верхняя палата отказалась это сделать. После истории с Черномырдиным осенью 1998 года Ельцин второй раз потерпел поражение по итогам голосования. Вне себя от ярости, он проигнорировал решение региональных лидеров и, опасаясь крайне нежелательных для него дальнейших результатов прокурорского расследования, указом отстранил Скуратова от должности.