Третий реферат, занимаясь контрразведывательными вопросами, уже в 1921 году установил сотрудничество с Министерством внутренних дел. Наибольшая угроза разведывательного проникновения для Польши исходила из Германии и советской России. Поэтому работники реферата основные усилия сосредотачивали на этих двух направлениях. В декабре 1921 года капитан Венцковский вместе с инспектором восточной границы при МВД подполковником Подгурским осуществил десятидневную инспекторскую поездку в пограничные восточные районы в целях изучения методов действий советской разведки. В 1923 году на деятельность Разведывательного отдела были выделены следующие финансовые средства: 3,2 млрд польских марок, 6 тыс. английских фунтов, 100 тыс. американских долларов, 80 тыс. леи, 40 тыс. французских франков и 190 тыс. чешских крон.
II Учетный отдел проводил регистрационную и аналитико-исследовательскую работу. Работники отдела подготавливали аналитические разработки и доклады, имевшие не только ценную оперативную информацию, но также и полезные материалы с экономической точки зрения. Они докладывались высшим государственным властям и представляли собой документы, на основе которых принимались решения огромного значения для безопасности государства. Эта информация, конечно же, также использовалась для планирования мероприятий разведывательного характера. Национальный реферат занимал в отделе специфическую позицию. В межвоенный период проблема национальных меньшинств имела существенное значение для внутренней и внешней ситуации польского государства. Поэтому было принято решение о создании такого подразделения в Учетном отделе II Отдела. Национальный реферат состоял из следующих подрефератов: украинского, еврейского, белорусского, немецкого и русского.
15 октября 1923 года была проведена первая существенная реорганизация II Отдела Генерального штаба ВП. Тогда была четко определена компетенция Центра военной разведки, которая сводилась к руководящим и контрольным функциям, а также к проведению глубокой разведки с помощью представительств за границей. «Сфера деятельности II Отдела Генерального штаба охватывала совокупность информационной службы, организации, руководства и контроля разведывательной службы и особенно поиска и добывания сведений, их централизации, анализа и обработки». Кроме того, II Отдел выполнял задачи из сферы контрразведки, касающиеся выявления деятельности иностранных разведок в Польше и борьбы с ними, а также противодействия подрывным акциям в армии. Утвержденная в 1923 году новая структура II Отдела оставила деление на 3 отдела: Общий организационный, Учетный и Разведывательный. В то же время произошли значительные изменения во внутренней организации каждого отдела. Должность руководителя II Отдела Генерального штаба по-прежнему занимал подполковник М. Байер. I Отдел состоял из 4 рефератов: организационного, кадрового, финансового и собственных шифров.