После ареста лидеров НДПА в апреле 1978 года возглавлял непосредственную подготовку к вооружённому восстанию по свержению режима М. Дауда. После победы Саурской (Апрельской) революции (военного переворота) был назначен заместителем премьер-министра и министром иностранных дел ДРА, избран членом политбюро ЦК НДПА и секретарём ЦК партии. В последующем Х. Амин фактически принял на себя руководство министерством обороны, установил контроль над органами государственной безопасности, сосредоточив в своих руках практически всю работу по организационно-партийному (кадровому) и государственному строительству.
Оставив за «другом и учителем» Н.М. Тараки роль «свадебного генерала», к лету 1979 года Х. Амин реально стал главным действующим лицом в НДПА и ДРА. К тому времени большинство особо значимых и весомых в партийной и государственной иерархии должностей было закреплено за его родственниками и лично преданными людьми.
14–15 сентября 1979 года осуществил государственный переворот в Афганистане. Принял на себя полномочия генерального секретаря ЦК НДПА, председателя Революционного Совета и премьер-министра ДРА. Бывший обладатель этих «титулов» Нур Мохаммад Тараки по приказу Х. Амина был задушен, а его семья помещена в тюрьму Пули-Чархи. Повинен в массовых репрессиях, организованных им в ДРА. Убит в ходе штурма советским спецназом дворца Тадж-Бек 27 декабря 1979 года.
Со временем в состав вновь «объединившейся» Народно-демократической партии Афганистана вошла ещё одна общественно-политическая (тайная и прежде самостоятельная) организация левой ориентации. Речь идёт об «Объединённом фронте коммунистов Афганистана» (ОФКА), который был создан непосредственно в структурах армии (1974 г) при деятельном участии и руководстве просоветски настроенного полковника ВВС и ПВО ДРА А. Кадыра, отличившегося ранее при отстранении от власти короля Захир Шаха.
Для руководства и членов ОФКА побудительным мотивом для такого решения стала надежда на то, что после объединения фракций НДПА в Афганистане будет создан совместный и сильный левый блок. Тем более что ОФКА был близок с народно-демократической партией по идейной платформе, хотя при определении форм и методов своей практической деятельности ставку делал исключительно на подготовку и проведение военного переворота в Афганистане. Удовлетворив просьбу руководства «объединённого фронта» о слиянии с партийными структурами, поднаторевшие в междоусобных баталиях лидеры НДПА навязали своим новым товарищам крайне невыгодные условия для этого объединения.