Очередные жестокие гонения на Церковь начались в 1929 году в связи с коллективизацией. Закрываются почти все храмы — и патриаршие, и обновленческие, все духовные школы, все монастыри. В 1919–1933 годах было арестовано около 40 тысяч архиереев, священников, церковнослужителей, монахов, множество мирян. Большинство из них ссылается на погибель в лагеря.
Но атеизм не мог торжествовать полную победу: тысячи священников и монахов, миллионы верующих предпочли мученичество отказу от веры. Многие православные уходили в «катакомбы». Неискоренимой оказалась и личная религиозность. Христианство сохранялось в религиозных обычаях, нравственных нормах общества.
В этот период решалась судьба России, русского православия. Несмотря на жесточайший террор, соблазны и прельщения, народ в большинстве своем не принял богоборческую идеологию. Об этом говорят невиданные в истории человеческие жертвы. Как бы ни было сильно безверие в дореволюционной России, при насаждении атеизма обнажились религиозные основы мировоззрения русских людей. Шокирующие режим факты обнаружила перепись населения 1937 года. После двух десятилетий свирепых гонений, под угрозой жизни верующими назвало себя 84 % неграмотного населения старше 16 лет, а также 45 % грамотного населения страны. В общем итоге верующими признало себя 57 % населения страны, три четверти из которых заявили себя православными.
С 1937 года начинается новая волна религиозных гонений: за год арестованы почти все священнослужители — около 137 тысяч православных людей (85,5 тысяч из них расстреляно), закрыто большинство храмов. Всего за пять последующих лет арестовано 175 тысяч и расстреляно 110 тысяч священников и церковнослужителей. К 1939 году в стране оставалось незакрытыми менее 100 храмов из действующих в 1917 году 60 000 храмов; были закрыты все монастыри — более 1000. Подверглись репрессиям более 300 архиереев, свыше 250 из них были казнены или скончались в лагерях. На свободе остается только четыре правящих архиерея, которые пошли на компромисс с атеистической властью; на каждого НКВД были сфабрикованы «показания», на основе которых в любой момент их можно было арестовать. В России атеистическому режиму было что разрушать и было за что уничтожать огромное количество людей.
Приведем хронологию богоборческих репрессий.
Первая волна репрессий (1918–1919 годы): 20.01.18 — декрет советской власти об отделении Церкви от государства, по которому изъяты все капиталы, земли, здания (включая и храмы). 07.02.18 — расстрел священномученика Владимира, митрополита Киевского. 16.07.18 — расстрел императора Николая II (который был главой Русской Церкви) и царской семьи. 14.02.19 — постановление Наркомата юстиции о вскрытии мощей (что вызвало массовые глумления над святыми останками в 1919-м и в последующие годы). Только в 1918 году расстреляно более 16 000 священников.