Сотрудники Государственного совета были востребованы во всех ведомствах. Трудоустраивая их в своем министерстве, его руководитель, с одной стороны, получал квалифицированного помощника, с другой – обескровливал «звездную палату», лишая ее возможности предметно критиковать вносившиеся законопроекты. Не случайно С. Ю. Витте переманил товарища государственного секретаря В. Н. Коковцова в свое ведомство на должность товарища министра финансов. Работая в Государственной канцелярии, Коковцов, хорошо зная финансовые вопросы, помогал оппозиции Витте в Государственном совете – и советами, и материалами. Теперь оппоненты всемогущего министра оказались беспомощными.
Конфликт министров с Государственным советом проходит красной нитью через всю историю этого учреждения. Руководители ведомств побаивались его и имели на то все основания. В ежегодных отчетах Государственного совета обычно констатировался тот факт, что большинство внесенных дел было так или иначе рассмотрено этим учреждением. С формальной точки зрения это было верно. В действительности же речь шла о мелких, текущих делах. Важнейшие проекты долго ждали своей очереди, и их обсуждение занимало продолжительное время. Это, как и жесткие оценки министерских инициатив со стороны членов Государственного совета, стимулировало руководителей ведомств искать обходные пути. Великий князь Михаил Николаевич признавал, что «министры не любят Совета, который препятствует осуществлению многих их предположений. Если поэтому Совет называют тормозом, то наименование это очень почетное. Спускаясь с горы без тормоза, можно очутиться в пропасти». Министр внутренних дел Н. П. Игнатьев прямо заявлял: «Не ездил и не буду ездить [в Государственный совет]… Скажу вам более – я не буду даже вносить представления в Государственный совет, а буду вносить в Комитет министров. Вы скажете, это незаконно… Может быть. А все-таки в случае надобности можно прибегнуть к комитету, испрашивая учреждение временных только правил». Так рассуждали многие сановники; в их числе К. П. Победоносцев. Более того, обер-прокурор Св. Синода полагал, что важнейшие проекты (например, отмену Судебных уставов 1864 г.) не следовало вносить в Государственный совет. Их надо было проводить посредством всеподданнейшего доклада.
Эта тактика давала свои плоды. Важнейшие решения нередко миновали Государственный совет. Для обсуждения переселенческой политики Д. А. Толстой инициировал создание особого совещания. Решение о проведении финансовой реформы С. Ю. Витте (введение золотого рубля) было принято Комитетом финансов и утверждено Высочайшим указом. В дальнейшем эта тенденция только усилилась. Николай II предпочитал проводить неформальные совещания для обсуждения законопроектов. Как раз в ходе такого заседания споры шли о проекте Указа 12 декабря 1904 г. Точно так же решение о преобразовании Министерства государственных имуществ и земледелия было принято в мае 1905 г. без всякого обсуждения в Государственном совете, что вызвало недоумение даже в императорской семье. «Самодержавие само подрывает собственное значение, нарушая законность, вместо того чтобы утверждать его», – записал в своем дневнике великий князь Константин Константинович.