Естественно, в абсолютном большинстве случаев император одобрял решения, принятые на заседании Комитета министров. И все же иногда бывали исключения. Так, в октябре 1886 г. Александр III не утвердил решение Комитета о преодолении кризиса в сахарной промышленности и потребовал проведения повторного обсуждения этого вопроса с участием всех министров, которые на первом заседании отсутствовали. А. А. Абаза, лично заинтересованный в принятом решении, настоял на аудиенции у императора и, казалось, убедил того в необходимости скорейшей резолюции по этому вопросу. Абаза ошибался. Как часто случалось, позиция противника этого решения М. Н. Каткова взяла верх: Александр III утвердил мнение меньшинства. Для Абазы это был неприятный «сюрприз». Ведь во время его докладов император не смел ему сказать о своем недовольстве. Напротив, он призывал Абазу не обращать внимание на «выходки» «Московских ведомостей». Более того, Александр III несколько раз повторил Абазе, что он очень доволен им как председателем Департамента экономии Государственного совета и просит и дальше оставаться на своем посту.
Такого рода царские решения становились событием в жизни Комитета министров, обычно работавшего по строгому графику, организованному его канцелярией. Причем составлением журналов ее работа не ограничивалась. За два дня до заседания (в среду) начальники отделений сходились в кабинете управляющего делами и докладывали ему о делах, которые предстояло обсудить в Комитете министров. Докладчик рассказывал о содержании дела, о собранных справках к нему и в заключение говорил, как, по его мнению, следовало этот вопрос разрешить. В четверг это совещание повторялось, правда в укороченном виде. Ведь то же самое следовало повторить председателю Комитета министров. Таким образом, канцелярия фактически давала экспертное заключение по проектам. Кроме того, чиновникам приходилось писать законодательные и статистические справки, которые служили обоснованием того или иного проекта. Иногда этот сопроводительный материал разрастался до целого фолианта.
Комитет министров не был единственным комитетом в России. Был еще и Комитет финансов – совещательный орган, обсуждавший финансовые операции государства, многие из которых были секретными. Состав этого комитета и его полномочия не были определены в законодательном порядке. При этом данное учреждение обладало немалым весом среди прочих органов власти. Порой оно даже законодательствовало, принимая важнейшие решения для страны (как уже говорилось выше, утвердило денежную реформу 1897 г.). По мнению современного исследователя А. В. Ремнева, Комитет финансов позволял императору надеяться, что он не окажется в полной зависимости от министра финансов. Ведь в вопросах экономических государи не чувствовали себя достаточно уверенно и нуждались в экспертной поддержке тех, кто мог оценить действия главы финансового ведомства. Не случайно во главе Комитета финансов стояли опытные чиновники: П. А. Валуев (1881–1882), Э. Т. Баранов (1882–1885), М. Х. Рейтерн (1885–1890), А. А. Абаза (1890–1892), Д. М. Сольский (1892–1910). В редких случаях заседания проходили под председательствованием самого императора. Так, в частности, случилось и при принятии денежной реформы. И все же реальное соотношение сил в Комитете во многом зависело от авторитета министра финансов. Когда им был Витте, все прочие члены этого совещания не смели ему перечить.