В 1772 году новороссийский генерал-губернатор, фаворит царицы Григорий Александрович Потемкин разыграл фарс, попросил П. И. Калнышевского записать и его в казаки. В своем «мягком» письме он называл атамана «неразлучным другом». В нем он писал:
«…уверяю вас чистосердечно, что ни одного случая не пропущу, где усмотрю принести любую желаниям вашу выгоду, на справедливости и крепости основанную».
Но через год не без помощи того же Г. Потемкина Запорожская Сечь была уничтожена. В начале июня 1775 года 100-тысячное войско под командованием генерала П. Текели, бывшего австрийского офицера, наемника, пятью колонами открыто приблизились к стоянке Сечи, и плотным кольцом окружило её. Время было выбрано удачное — в Сечи находилось всего несколько сотен казаков, — остальные были кто в походах, кто на работах. Во избежание кровопролития и возможных больших жертв с той и другой стороны 85-ти летний кошевой атаман Петр Иванович принимает мудрое решение сдать Сечь русским войскам без боя. После этого кошевой атаман П. Калнышевский, военный писарь И. Глоба и военный судья П. Головатый были арестованы и таким образом оказались в плену.
Нужно отметить, что за жизнь в Сечи Петр Калнышевский стал богатым собственником. При аресте в его зимовниках и хуторах было описано 639 лошадей, 1076 голов крупного рогатого скота, 14045 овец, 2175 пудов зерна. Его крепкое экономическое положение содействовало политической карьере в Сечи.
В августе 1775 года царица издала указ, в котором говорилось:
«Сечь Запорожская окончательно уже разрушена, с уничтожением на грядущие времена и самого названия запорожских казаков, не менее чем за оскорбление нашего Императорского Величества за поступки и дерзости, которые совершаемы были от этих казаков, которые совершаемы были от этих казаков непокорностью нашим высочайшим Повелениям».
Калнышевского сначала отправили на родину в Пустовойтовку, обещая ему волю. Но через некоторое время в село прискакал эскадрон гусар. Его арестовали, заковали в кандалы по рукам и ногам в местной кузнице и повезли в Москву.
Существует предание, когда местный кузнец заклепывал запястные наручники кандалов, то плакал и просил прощения у своего земляка — кошевого атамана.
В российской столице над ним был учинен допрос с пристрастием в помещении Военной коллеги, а потом его повезли якобы в Архангельск.
В указе ничего не было сказано о конкретной судьбе атамана. А она была связана с Соловецким заточением. Глобу и Головатого отправили на каторгу в Сибирь. Там в ссылке, в северных монастырях, они и закончили дни пребывания на грешной земле.