Таким образом, казачество было подчинено, но сохранено. Казаки получили официальный статус полу-привилегированного военно-служилого сословия, отчасти такой, который имели дворяне в допетровской Руси. Казачьи войска из «независимых республик» превратились в особые военно-административные территории империи.
Государство не просто подчинило казачество. Оно во многом вывело его из первого системного кризиса, как организационного, так и духовного. Государственные установления, ценности верной службы императору во многом заменили саморегулирование и идеалы вольной общины. Длительное и целенаправленное участие государства сформировало новый облик казачьих войск.
Особенно это касалось казаков, переселённых на новые территории, таких, например, как черноморцы и линейцы, — будущих кубанцев. Казаки, особенно черноморцы, после переселения на Кубань находились в весьма плачевном состоянии. (Бывших запорожцев с самого начала из них было всего лишь чуть больше 30 процентов). Они были очень бедны и не являлись по-настоящему мужественными и умелыми воинами.
И государство кропотливо и целеустремлённо работало с ними: улучшало военную организацию и обучение, стремилось полюбовно разрешить земельные споры элиты и рядовых казаков. И к середине XIX столетия казаки на Кубани стали экономически достаточно состоятельными и весьма боеспособными, так же как и другие казачьи войска.
Но сохранилось низовое (станичное) казачье самоуправление. Казаки не стали целиком и полностью «государственными» людьми, сохранив свою древнерусскую специфику. Казаков отличало особенно чёткое понимание различия своих и чужих, причём к своим было принято относиться с подчёркнутым дружелюбием. Например, в казачьих военных учебных заведениях пресекался так называемый «цук» — прообраз дедовщины. Он считался постыдным и «неказачьим». Зачастую достаточно тёплыми и человечными были отношения в казачьих частях, формировавшихся из земляков. Казаки в большей степени отличались подчёркнуто человечным, а не государственно-наплевательским отношением к своим. Даже в имперских казачьих войсках XIX века люди, не желавшие жить в общеимперском пространстве, могли найти себе убежище. Казачьи коллективы выживания отличались прочностью и сплочённостью.
В среде казаков сохранялись и некоторые древнерусские обряды, например «постриги» на Дону. Годовалого мальчика сажали на коня и постригали ему волосы.
У вольных казаков не было особой казачьей этничности. Они считали себя русскими или украинцами. Об этом напрямую говорят такие памятники казачьей мысли, как донская «Повесть об азовском сидении». И в имперский период особая этничность не была развита в «новых» казачьих войсках, таких как Уссурийское, Семиреченское. Также она не была развита и в Сибири. Там местное самосознание объединяло всех сибиряков, независимо от принадлежности к «войсковому сословию».