Во-первых, Всероссийская чрезвычайная комиссия, которая должна была защищать власть рабочих и крестьян Советской России, была по своему составу не «рабоче-крестьянской». В декабре 1918 г. среди руководящих работников комиссии из рабочих было 34,3 %, из крестьян — 2 %, а остальные по своему происхождению были служащими или интеллигенцией. К концу гражданской войны ситуация, правда, несколько изменилась: из рабочих было 64,6 %, из крестьян — 1 %. За годы гражданской войны в руководстве ВЧК служащие составляли 33 %, интеллигенция 27 %, рабочих 14 %.
Во-вторых, крайне специфическим был национальный состав первых чекистов. На 25 сентября 1918 из 372 сотрудников более 48 % были латышами, 30,4 % — русскими, а 9,4 % — евреями. Иными словами, в 1918 году ВЧК имело ярко выраженное «латышское лицо». Этому факту много объяснений. Играло роль и активное участие латышей в революционном движении, а латышских стрелков — в Октябрьской революции. Но огромное значение имел и «личный фактор» — роль Якова Христофоровича Петерса и Мартина Яновича Лациса в руководстве ВЧК. Конечно, это не могло не создавать проблем для руководства ВЧК, особенно если учитывать, что образовательный уровень латышских коммунистов был не очень велик, а русский язык многие из них знали плохо (если вообще знали).
В дальнейшем Дзержинский пытался выправить ситуацию, активно привлекая к работе представителей других национальностей. В значительной степени этому способствовал отъезд многих латышей в 1919 г. на родину в Советскую Латвию. Уже к середине 1919 г. половину управленцев составляли русские, роль евреев стала заметной в среднем звене и достигала 21 %. Из 17 членов Коллегии ВЧК русских было 10 человек, латышей — 3, поляков — 2, также в этот орган входил один еврей и один белорус. На 1 декабря 1921 г. в Коллегии было 4 русских, 4 еврея, 3 поляка, 3 латыша, 2 украинца.
В-третьих, образовательный уровень чекистов был довольно низким. Высшее и незаконченное высшее образование имели 12,6 %, среднее — 29 %, начальное (или самообразование) — 56, 3 %.
В-четвертых, в «эпоху Дзержинского» ВЧК оказалась втянута во внутрипартийную борьбу. Все началось с конфликта между Дзержинским и Петерсом. Формально это был конфликт между Дзержинским и партийной организацией в ВЧК, которая целиком находилась в руках латышей.
Здесь надо сделать одно важное отступление. Как известно, в марте 1918 года Советское правительство по инициативе Ленина заключило Брестский мир с Германией. Вместе с тем и среди большевиков, и среди их союзников, левых эсеров, было много противников мира. Среди большевиков — противников «Бреста» (т. н. «левыми коммунистами») были Н.И. Бухарин, Ф.Э. Дзержинский, А. Бубнов и другие. В партии большевиков «левые коммунисты» были в меньшинстве, а среди левых эсеров противники «Бреста» преобладали. Если бы «левые коммунисты» и левые эсеры выступили единым фронтом, мир был бы сорван.