Неприятности Пеньковского в отношениях с начальством вряд ли были исключением в советской системе, где конфликты между соперничающими чиновниками были скорее правилом, чем исключением. Тем не менее поведение полковника Генерального штаба, пользующегося доверием и обладающего высокими связями, который бросил вызов власти своего начальника-генерала, напоминало действия упрямого шофера, который погиб, избрав из упрямства заведомо опасный путь. ГРУ — это военная организация, и ни один генерал не потерпит, чтобы кто-то из подчиненных через его голову обращался к партийному руководству.
По возвращении Пеньковского в Москву в штаб-квартире ГРУ на Арбате ему ясно дали понять, что лавров героя он не получит. Его жена Вера была огорчена и разочарована, что долгожданное пребывание за границей так быстро закончилось — они пробыли в Турции чуть больше года; она лишилась возможности бывать на приемах, беседовать по-французски с иностранцами. А решение судьбы экс-полковника артиллерии было отложено в долгий ящик; ему придется бесконечно долго ждать нового назначения. И как признается Пеньковский, потребовалось вмешательство маршала Варенцова, чтобы его направили на девятимесячные курсы по ракетному вооружению.
Хотя Пеньковский закончил курсы с самыми лучшими результатами, назначения на командный пост в строевой части он не получил. Вместо этого его вернули в 4-е (азиатское) управление ГРУ. Советская разведка представляет собой нечто вроде монашеского ордена. Однажды вступив в него, расстаться с орденом очень трудно. Пеньковский мог получить пост военного атташе в Индии — ответственная работа, на которой можно было получить генеральское звание.
Именно тогда, после двадцати трех лет постоянных тайных проверок, чьими-то стараниями в КГБ появилась информация, что его отец был офицером Белой армии. Когда начальник отдела кадров ГРУ генерал-майор Шумский встретился с Пеньковским по этому поводу, тот представил заявление матери, объясняющее обстоятельства его рождения, — оно и хранилось в его личном деле. Сам Пеньковский не мог предположить, что известна подлинная история его отца и об этом уже вовсю судачат. Подозрения были весьма серьезны, и его назначение в Индию не состоялось.
Два томительных месяца он провел в резерве, пока изучался вопрос о его «контрреволюционных» корнях. Для советских разведслужб ситуация была просто скандальной. В конечном итоге на властном уровне решили, что Пеньковский — слишком ценный специалист, чтобы терять его из-за сомнительного происхождения. Его вернули к активной деятельности в качестве старшего офицера одного из отделов 4-го управления.