21 июня 1919 года в утвержденном приказом РВСР № 1018/186 новом штате Региструпра ПШ РВСР появилась «шифровальная часть» (начальник — В. А. Панин, его заместитель — П. Б. Озолин). А 20 сентября 1920 года в утвержденном приказом РВСР № 1951/364 новом штате Региструпра появились шифровальное отделение (начальник — П. Б. Озолин) и отделение связи (начальник — Вольдемар Янович Закис).
Будучи заинтересованной в использовании данных шифропереписки, ВЧК направляла материалы для дешифровки в военные органы. Вот один из таких документов: «В Полевой штаб Реввоенсовета Республики. 14.IV.1920. Согласно резолюции начальника отдела обработки материалов Особого отдела ВЧК при этом сопровождаются три копии перехвата неприятельских радиограмм от 3 и 4 апреля с просьбой расшифровать в срочном порядке и вернуть в отдел обработки материалов ОО ВЧК».
Через 20 дней, 4 мая 1920 года, в ПШ РВСР был послан вторичный запрос по этому вопросу. И только в июне был получен типичный для подобной ситуации того времени ответ: «Ввиду невозможности установить ключ к этим телеграммам последние возвращаются в нерасшифрованном виде…».
В то же время были созданы аналогичные шифровальные структуры в Главном артиллерийском управлении, Управлениях связи, снабжения, военных сообщений и других. В более низовых звеньях управлений шифровальных органов, как таковых, не было, и вся работа по данному вопросу велась, как правило, по совместительству, без надлежащих норм секретности и конспирации, чаще всего необразованными и неподготовленными должным образом людьми.
На линиях связи Советской республики в основном применялись шифры простой и пропорциональной замены. В период борьбы с адмиралом Врангелем советской стороной применялся шифр «Республика», представлявший собой шифр Виженера с чередованием букв алфавита внутри квадрата в соответствии с ключом-лозунгом. Не менее широко применялись шифры «Москва» и «Секунда».
Шифр «Москва» также представлял собой шифр Виженера, где в качестве лозунга использовался тот же открытый текст, но сдвинутый на один шаг вправо, иначе процесс дешифровки был бы невозможен. При этом первая буква лозунга заранее оговаривалась и менялась по расписанию.
Шифр «Секунда» был обычным шифром замены на девять, две, тринадцать колонок. В 1919–1920 годах были разработаны и применялись более стойкие шифры «Пулемет», «Агитатор» и другие, которые лишь незначительно улучшили неблагоприятную в целом ситуацию с обеспечением секретности шифропереписки в Советской республике.
Но и эти быстрые разработки строились по старым принципам и не обеспечивали защиту секретов. Перехваченные радиосообщения РККА легко дешифровывались. Так, например, генерал-майор Лионель Денстервиль, командовавший экспедиционными войсками «Антанты» в Персии и Баку в 1918 году, в своих воспоминаниях писал, что благодаря использованию «красными» на Каспийском море старого царского кода, копия которого имелась в его штабе, английским войскам удалось получить важную информацию о действиях РККА. Эта информация существенно повлияла на ход боевых действий и позволила англичанам занять Баку и другие районы Кавказа.