Для сохранения письма в тайне применялись соответствующие охранные мероприятия. Так, письмо Петра I барону Георгу Бенедикту Огильви от 17 февраля 1706 года сопровождалось такой записью: «Февраля в 17 день цыфирью Реновою. А посланы в 22 день; замешкались за тем, что азбуку переписывали и в пуговицу вделывали. Посланы с маером Вейром».
Присылались в КИД такие азбуки в конвертах, которые опечатывались красными сургучными печатями, однако не государственными, а личными отправителей. Пересылали шифры довольно часто, ведь срок их действия был ограничен, и документы, у которых закончился срок действия, направлялись в КИД.
Постоянно шифрованная переписка осуществлялась с дипломатическими представителями России за рубежом, в частности: при венском дворе — П. А. Голицыным, И. Х. Урбихом, П. И. Беклемишевым, А. П. Веселовским; при прусском дворе — с Альбрехтом Литом, а затем с А. Г. Головкиным. Специальные шифры для переписки с российским двором имели: А. А. Матвеев — посол в Англии, Голландии, Австрии; Б. И. Куракин — посол в Риме, Лондоне, Нидерландах, Ганновере, Париже, и много других дипломатов, чьи шифры сохранились.
Часто зашифровывались письма и коронованных корреспондентов — польского короля Августа II, прусского короля Фридриха, хотя чаще эту переписку вели министры и вельможи союзных государств: И. Ф. Арнштедт, Я. Г. Флеминг, польскую — Ян Шембек, А. Н. Синявский, К. Ф. Шанявский, С. Денгоф, датскую — Юст Юль. Переписка эта касалась вопросов международной политики, заключения союзных договоров и военных вопросов. Шифрованная переписка прусского короля находилась в руках его министра И. Г. Кайзерлинга. Существовала секретная переписка России и Молдавии. Известны шифрованные письма Михаила Раковицы, молдавского посланника Георгия Кастриота. Кратковременные дипломатические миссии также сопровождались вручением секретной «азбуки» лицу, которое следовало из России за границу.
Высший командный состав армии и флота также имел шифры для переписки с царем. Известны шифрованные письма Петра I к адмиралу Ф. М. Апраксину, фельдмаршалу Г. Б. Огильви, фельдмаршалу Б. П. Шереметьеву, фельдмаршалу-лейтенанту Гольцу и их шифрованные ответы. При этом Петр I уделял большое значение качеству тайнописи. Так, царь с недовольством сообщал фельдмаршалу Г. Б. Огильви: «Цыфирь вашу я принял, но оная зело к разобранию легка».
В своей переписке корреспонденты использовали шифры, предназначенные для шифрования переписки на разных языках. В основном в этот период применялись так называемые русские, немецкие и французские шифры, в которых как шифровеличины использовались буквы, слоги, слова, словосочетания соответственно русские, немецкие, французские. Петр I особенно часто использовал французские шифры.