Экземпляры шифров, принадлежавшие царю, находились всегда в месте его пребывания и содержались в канцелярии Министерства императорского двора, в Императорской главной квартире, а в военное время в «Военно-Походной Его Императорского Величества канцелярии».
В военном ведомстве строго соблюдались правила пользования шифрами и их хранения. Правилами предписывалось при утере хотя бы одного экземпляра шифра немедленно выводить его из употребления и заменять новым. Такая же замена должна была производиться при подозрении, что тайна шифра противником раскрыта.
Снятие копий с шифров категорически запрещалось, поэтому в военное время полевые штабы армий, отдельных корпусов и отдельно действовавших отрядов снабжались запасными экземплярами шифров для выдачи их в необходимых случаях тем лицам, которых не было в специальном списке, но которым, по мнению командующих армиями или других главных военных начальников, следовало иметь тот или иной шифр.
Экземпляры ключей военного времени, выданные командующим войсками в округах, командирам корпусов, комендантам крепостей и наказным атаманам, хотя и находились в непосредственном распоряжении этих лиц, должны были храниться в помещении соответствующих штабов в «запертых секретных хранилищах» и обязательно в особо секретных пакетах, запечатанных личной печатью тех лиц, на чье имя они были выданы. Так же строго хранили экземпляры шифров (ключей) и начальники главных управлений Военного министерства и начальники штабов округов. Замену ветхих экземпляров шифров, передачу шифров от увольняемых лиц и т. п. производил Главный штаб. Там же определялся срок действия шифров.
С целью сохранения шифров в секрете инструкциями предписывалось ни в коем случае не оставлять в делах зашифрованные документы. Лица, использующие шифр, обязаны были помещать в дела копии отправленных шифросообщений, но изложенные «обыкновенным письмом». Черновики уничтожались. Лицо, получившее шифросообщение, также было обязано уничтожить подлинник, поместив в дело входящих документов соответствующую копию, изложенную «простым письмом». Проверка шифров военного времени, находящихся в округе, в армии и т. д., производилась не реже одного раза в год.
Для военного времени военное ведомство имело специальные шифры для войсковых соединений. Но в них было много недостатков. Это были достаточно сложные лозунговые шифры двойной вертикальной перестановки по двум номерным рядам — распределителям с частой сменой ключей.
К сожалению, в организации шифросвязи в действующей армии были серьезные недостатки. Если посылаемые с фельдъегерями сообщения в окруженный японцами Порт-Артур шифровали, то по телеграфу информация достаточно часто передавалась в открытом виде. При этом уже в 1904 году японские спецслужбы впервые в истории радиотехнической разведки реализовали на практике схему дистанционного «съема» информации с телеграфного кабеля.