Алексеев, всегда уравновешенный, сдержанный, однажды за обеденным столом, за которым опять заспорили «за Цусиму», встал и ушёл в свой кабинет. Оттуда он вернулся, держа в руках «Морской устав» Петра Великого. Спросил сидевших за столом своих подчинённых:
— Есть у кого сомнения в том, должны ли были сражаться броненосцы контр-адмирала Небогатова?
— Есть, Михаил Васильевич. Если спор ведут сами моряки, то и мы не можем остаться в стороне.
— Тогда ответьте мне, в каком документе определена ответственность и мера наказания за сдачу корабля противнику?
— Только в Уставе Русского флота.
— Верно. Вот у меня в руках «Морской устав» государя Петра Великого. Вчера вечером я отыскал в нём специальную главу. Называется она артикул 68 главы девятой.
Алексеев развернул «Морской устав» на той странице, где им была сделана закладка:
— Кто хочет сдаться или иных к нему подговаривать. Такожде и те будут казнены смертию, которые похотят сдаться, или иных к нему подговаривать, или, зная оную измену, о том не возвестят».
Закрыв «Морской устав», Алексеев спросил:
— Должен ли быть отдан под военный суд за спуск Андреевского флага перед японцами контр-адмирал Небогатов или нет? Вопрос ко всем здесь присутствующим.
— Должен...
Такой суд действительно состоялся. Небогатова обвиняли в невыполнении статьи 354 действующего «Морского устава» и в «преступности сдачи» броненосного отряда врагу. В соответствии с требованиями уставной статьи командир должен был продолжать бой до последней возможности.
Согласного статье 354 во избежание бесполезного кровопролития командиру разрешалось, не иначе как с согласия всех офицеров, сдать корабль, если нельзя одолеть течи и он начинает тонуть, если все средства для обороны истощены и потеря в людях столь значительна, что сопротивление совершенно невозможно, и, наконец, в случае пожара, которого нельзя погасить. При всём том сдача в таких обстоятельствах разрешалась только в том случае, если корабль нельзя истребить и искать спасения команды на берегу или в шлюпках.
Тем не менее на суде Небогатов посчитал свой поступок чуть ли не подвигом во имя спасения жизни подчинённых. Суд на заседании 11 декабря 1906 года признал виновными в преступной сдаче кораблей неприятелю и приговорил к смертной казни четырёх должностных лиц: командира отряда контр-адмирала Н. И. Небогатова и трёх командиров кораблей бывших капитанов 1-го ранга В. В. Смирнова с «Императора Николая I», С. П. Смирнова с «Адмирала Сенявина» и Н. Г. Лишина с «Генерал-адмирала Апраксина».