О степени напряжения и страха, охватившего Петра в августе 1689 года, свидетельствует его поспешное бегство из Преображенского в Троицкий монастырь. Двое верных ему стрельцов добрались до Преображенского и донесли о намерениях стрелецкого войска Шакловитого расправиться с молодым царем. Одевшись на опушке леса, после того как приближенные привезли ему дорожную одежду, Петр скакал до самого монастыря не останавливаясь. Молодой царь благополучно укрылся в монастырских стенах, но и это убежище было эфемерным. Ведь за 300 лет до описываемых нами событий люди князя Дмитрия Шемяки силой выволокли из Троицкой церкви великого князя Московского Василия II и тут же ослепили его («очи вынули»). Отчаяние, страх, отхватившие Петра, были столь велики, что, войдя в келью настоятеля, царь рухнул с рыданиями на постель.
Люто возненавидел он и Москву с ее темными улочками, тупичками, закоулочками, где множество поздних путников теряли жизнь, сбитые с лошади неведомо откуда прилетевшим кистенем, буздыганом или метко брошенным разбойничьим ножом. Неудивительно, что в новой столице, в Санкт-Петербурге, больше строились широкие светлые проспекты да ровные линии. Словом, юные годы Петра, пронизанные опасностью, тревогой за свое физическое и политическое будущее, подготовили почву для грядущих реформ, которые стали в какой-то мере актом мести своему несчастному прошлому. Эта месть и ненависть, ставшие движителями преобразований, распространялись не только на Софью, бояр, стрельцов, Москву, но и на всю Россию. Петр Алексеевич так никогда и не любил Москву, последовательно избегал жить в Кремле. Посещая в дальнейшем Первопрестольную, останавливался чаще всего в милом его сердцу Преображенском, где прошла его тревожная юность. Величественный кремлевский дворец, что «в Верху», — место его детских страданий и страхов — прогнил и рухнул, так что преемникам Петра Великого во время пребывания в старой столице приходилось жить в Лефортовском и Головнинском дворцах. Лишь при Екатерине Великой было задумано строительство нового кремлевского дворца. Неприятием прошлого пронизаны многие петровские указы, написанные будто бы от лица коменданта оккупированного города, — резко и жестоко в отношении своего народа и прошлого.
Необычайная внешность Петра в сочетании с его странным, непривычным для народа поведением порождали множество слухов и толков насчет его «нецарственности». Неудивительно, что простому народу, особенно из среды старообрядцев, он казался монстром, выродком, «немцем», подмененным во время пребывания истинного царя Петра Алексеевича за границей. Впрочем, бытовала и другая «версия подмены»: мол, рожденная царицей Наталией Кирилловной девочка была тайно обменена на мальчика из Немецкой слободы — известного иностранного гетто под Москвой. В тумане легенд и слухов нетрудно увидеть, что Петр оказался чужд культуре отцов традиционной России, и подданные это интуитивно чувствовали, на свой лад объясняя присущую царю оригинальность.