Большим событием для Лукреции в тот необычный год стала новость, дошедшая до нее в последнюю неделю ноября: Чезаре снова на свободе. В ночь на 25 октября он устроил драматический побег из замка Ла-Мотт, сломав при этом ногу: когда спускался, веревку наверху обрезали, и пленник свалился в ров. Чезаре взял курс на Наварру, ко двору шурина, Жиана д'Альбре. Дорога была очень трудная, но только таким способом он избежал пленения. 3 декабря он прибыл в Памплону. По пути умудрился дать весточку Лукреции. О его побеге она узнала 26 ноября и немедленно написала Гонзага, рассчитывая, что он разделит ее радость. К концу декабря о местонахождении брата Лукреция услышала от его советника Федерико. Она послала Федерико к Гонзага со счастливой новостью и письмом от Чезаре. (Написал он и Ипполито, а вот Альфонсо такой чести не удостоил.) «Я уверена, — лицемерно писала Лукреция, — что новость обрадует Вас. Вы будете довольны этим не меньше, чем герцог (Чезаре)… ведь Вы любите его как родного брата…»
И еще один важный человек явно не разделял радости Лукреции: это был Юлий II, с триумфом въехавший в Болонью. Когда Федерико проезжал через Болонью, папа его арестовал. Лукреция расстроилась и в письме к Гонзага попросила его обратиться к понтифику, чтобы тот освободил гонца. Она уверяла, что Чезаре не хотел причинить папе какой-либо вред, и сама она не верит в то, что Федерико мог быть замешан в каких-либо темных незаконных делах, «потому что он самый преданный и верный слуга Его Блаженству, как и мой супруг. Я знаю, что приехал он лишь для того, чтобы передать мне новость о его [Чезаре] освобождении». Этот арест мог повредить ее брату и ей самой, так как создавалось впечатление, будто они у папы под подозрением. Поэтому она и просила Франческо добиться быстрого освобождения Федерико. Фактически Юлий II мог не опасаться Чезаре. Хотя Валентинуа до сих пор подписывал свои письма «Чезаре Борджиа Французский, герцог Романьи», все это были лишь пустые слова. Как, посмеиваясь, заметил Юлий II: «У Чезаре в Романье не осталось ни одного крепостного вала». У него теперь фактически было пусто в карманах: Юлий II секвестровал деньги, которые его банкиры распределили по ведущим итальянским банкам, как и сокровища, которые захватили Флоренция и Бентивольо. Людовик XII отказал Валентинуа в реституции герцогства и не захотел снова взять его к себе на службу. И все же харизматичного Чезаре рано было сбрасывать со счетов: кто может быть уверен, что с ним все кончено? Как написал хронист Дзурита, известие о его побеге «сильно обеспокоило папу, потому что герцог — такой человек… одного его присутствия достаточно, чтобы во всей Италии вспыхнули новые волнения. Любили Чезаре не только солдаты, но и большинство населения Тосканы, и другие государства». А в Ферраре у него была преданная и любящая его сестра, готовая пойти на все, лишь бы помочь ему.