В то время как Лукреция пыталась вместе с монахом приструнить придворных дам, Чезаре Борджиа отправился в последнюю свою кампанию: вместе с шурином, королем Наварры, он выступил против мятежного графа Бомона. 12 марта 1507 года Чезаре был убит из засады возле городка Виана. Нападавшие, прельстившись пышностью доспехов и платья, сорвали их с убитого, а нагое тело оставили на земле истекать кровью. Чезаре исполнилось тридцать лет. Он на два года пережил возрастной рубеж — двадцать восемь лет, который сам себе когда-то назначил, — и умер за три дня до 15 марта, рокового дня своего героя, Юлия Цезаря.
Лукреция узнала о том, что случилось, лишь через шесть недель после его гибели. Верный друг Чезаре, Хуанито Гарсиа, принес эту новость в Феррару 22 апреля. Явился он к Ипполито, а тот, зная, что. как выразился один из корреспондентов Изабеллы, Лукреция «любила своего брата, словно была его матерью», не в силах был объявить ей об этом, а потому делегировал на эту миссию фра Рафаэле. Для Лукреции смерть брата была самым большим горем в жизни, которая и без того отмечена была трагедиями. Она, как говорят, горестно воскликнула: «Чем более стараюсь я угодить Господу, тем сильнее Он испытывает меня…», после чего заперлась в своих покоях «и горевала день и ночь», повторяя имя брата и не в силах скрыть свою боль. Проспери писал: «Мало кто из людей осмеливался выразить ей свои соболезнования из-за ее замкнутого характера». На публике, так же, как и после смерти Александра, она держала себя в руках. 22 апреля Санудо свидетельствовал: «…о смерти герцога Валентинуа сообщил мадонне Лукреции монах Рафаэле, во время поста он выступал там с проповедями. Для нее это был страшный удар, тем не менее она держалась стоически и не позволила себе заплакать». Во времена Ренессанса, как и в Древнем Риме, особенно ценили силу духа. Альфонсо гордился женой и был благодарен Ипполито за проявленный им такт. «Мы безмерно благодарны Вашему Сиятельству за то, как бережно сообщили Вы нашей супруге о судьбе ее брата, герцога, — писал он к Ипполито 27 апреля из лагеря возле Генуи, — нам кажется, что Вы, Ваше Сиятельство, действовали в этом случае в согласии с присущим Вам благоразумием и опытом. Столь же довольны мы тем, что, по Вашим словам. Ее Светлость, наша супруга, стойко приняла этот удар…»
Только в конце месяца заставила она себя встать с постели и принять соболезнования окружающих. Навестили ее и несколько людей со стороны. Из Болоньи приехал известный гуманист Агапито да Амалия, он давно служил у Чезаре доверенным секретарем. Теперь он стал секретарем папского легата. С Лукрецией у него был многочасовой разговор, они вспоминали прошлое. Кроме Анджелы Борджиа, приехавшей из Сассуоло, чтобы утешить ее, не было никого, с кем бы она искренне могла разделить свое горе. И в самом деле, никто, кроме членов семьи Борджиа, не оплакивал смерть ужасного Валентинуа. Альфонсо был далеко: оказывал содействие Людовику XII в подавлении мятежа в Генуе. В письмах муж пытался утешить ее, писал, что Чезаре «уже одерживал победу над врагами своего шурина», когда его настигла смерть.