Лукреция писала Альфонсо почти ежедневно, говорила, как довольна она тем, что Людовик оказал ему теплый прием в лагере, тем, что муж ее в добром здравии и хорошем расположении духа. Она приняла Хуана Луку Поцци, который подробно отчитался перед ней о событиях под Генуей, но лишь 30 апреля получила она собственноручно написанное Альфонсо письмо о Чезаре (послание не сохранилось). Она горевала, и ей требовалось его ободряющее присутствие: «Постоянно молю Господа, чтобы Он сохранил жизнь и доброе здоровье Вашей Светлости, а также чтобы дела под Генуей быстро и благополучно разрешились, тогда Ваша Светлость сможет вернуться домой, чего я всем сердцем желаю». В отсутствие Альфонсо через Ипполито она узнавала о передвижениях Бентивольо, которого папа подозревал в намерении возвратить Болонью. После смерти Чезаре она несколько месяцев никому не писала, даже Гонзага, а если и писала, то письма эти не сохранились. Генуя сдалась французскому королю, и 9 мая Альфонсо вернулся, и, хотя ее он навестил в первую очередь, много времени с нею не провел, а отправился к Ипполито.
С момента гибели Чезаре слухи о беременности Лукреции на протяжении лета вспыхивали и затихали. 18 мая Проспери писал, что большую часть времени она лежит в постели, чтобы «сохранить беременность», но со 2 августа, после отъезда Альфонсо в Венецию и Комаккьо, она снова приступила к исполнению его обязанностей: «Мадонна, как повелось, заправляет делами, а, стало быть, слухи о беременности не подтвердились», — доложил Проспери. В августе Лукреция поехала в Модену, а Альфонсо, оставшись в Ферраре, занялся цехом, обслуживающим артиллерию. Он часто обедал в компании Ипполито. В письме от 16 сентября Проспери рассказывает о бракосочетании Эрколе Строцци и Барбары Торелли. Написал он. что в Феррару на несколько месяцев приехала с мужем Анджела Борджиа. Дотошный Проспери нашел акушерку Фрассину и выспросил у нее, на самом ли деле герцогиня беременна: «Надеются, что это так и есть». На этот раз слухи оказались верны: 7 ноября Фрассина подтвердила беременность и сказала, что ребенок должен появиться на свет через четыре месяца.
В поисках утешения после постигшей ее тяжкой потери — гибели обожаемого брата — Лукреция сблизилась с Гонзага. Летом 1507 года тайные их отношения стали еще более страстными. Эрколе Строцци снова взял на себя опасную обязанность посредника (ранее он содействовал развитию ее романа с Пьетро Бембо, теперь же доставлял корреспонденцию Гонзага). Гонзага был старым его другом и хозяином, в то время как Альфонсо — человеком, относившимся к нему с неприязнью. Вдобавок он отобрал у него доходное место. А вот к Лукреции Строцци относился с нежностью, и биограф его, Уиртц, возможно, с преувеличением назвал это чувство любовью. Под псевдонимом