Ипполито д'Эсте, которого и Чезаре, и Лукреция знали как молодого кардинала, остался в Риме. Третий сын Эрколе, родившийся в браке с герцогиней Элеонорой Арагонской, всего на год старше Лукреции, был самым умным среди братьев Эсте и самым безжалостным. Его, как и Чезаре, предназначали для церковной карьеры, и потому на третий год своего рождения он получил аббатство Касальново, что было весьма ранним стартом даже для тех дней. В семилетнем возрасте благодаря тете, Беатриче Арагонской, королеве Венгрии, он приобрел епархию в ее стране, которая приносила ему ежегодный доход в 50 тысяч дукатов. В 1493 году Александр в его отсутствие (Ипполито находился в то время в Венгрии) назначил его кардиналом. Позднее Ипполито провел некоторое время в Милане с Лодовико Сфорца, где также получил епархию с 5 тысячами дукатов годового дохода. В отсутствие Лодовико ему доверили управлять городскими делами, однако большую часть времени он проводил за охотой и празднествами в городских окрестностях. Как и Чезаре, он совершенно не годился для церковной службы, как и он, своим кардинальским делам предпочитал военную службу и политические интриги. Его отец, герцог Эрколе д'Эсте, часто пенял ему и за то, что вместо сутаны он носит оружие, и за все его недостойное поведение. В 1493 году Эрколе заклинал пятнадцатилетнего кардинала «вести себя так, чтобы к тебе относились как к мудрому и рассудительному кардиналу.. чтобы производить впечатление благонравного человека, каким и должен быть прелат твоего ранга, тем более поднявшийся до высочайшей должности — кардинала». Новость о том, что Ипполито заказал себе у миланского мастера белые доспехи, с тем чтобы воевать за Лодовико в 1499 году, ужаснула его отца, и он скомандовал ему «воздерживаться от замашек военных и постараться жить как добрый архиепископ и достопочтенный кардинал». Гордый, высокомерный и сладострастный, но при этом наделенный огромным личным обаянием и фамильной страстью к музыке, Ипполито стал добрым другом и советчиком Лукреции в Ферраре.
Ферранте д'Эсте, второй сын Эрколе от Элеоноры, родился в Неаполе в 1477 году, и Джулиано делла Ровере стал крестным отцом мальчика. В 1493 году Эрколе отправил его на службу ко двору французского короля Карла VIII. В дорогу с ним отправились четверо благородных спутников и восемьдесят лошадей. Заботясь, чтобы его сын произвел хорошее впечатление, Эрколе сказал Ферранте, чтобы он преподнес ароматы (cose odorifere) королю и королеве, а также важным персонам при дворе, для этого отрядил с ним курьера с мускусом и «двумя кубками из рога, наполненными цибетином»