От качки, дурной пищи и воды, физического изнурения и недосыпа новички на корабле заболевали дизентерией и лихорадкой, а потом и весь экипаж — несмотря на сухофрукты, лук и бобы в рационе (вначале съедобные) — медленно, но верно начал поддаваться болезни. Симптомы проявились на шестьдесят восьмой день, после восемьдесят четвертого люди начали умирать, через сто одиннадцать дней цинга поразила каждого. Время у да Гамы поджимало.
Среди штормов, экваториальной жары, адского холода южных морей корабли упорно двигались своим курсом, делая примерно 45 миль в день. Где-то на 20˝ ю. д., почуяв перемену ветра, штурманы велели поворачивать обратно к юго-востоку — в надежде вскоре обогнуть мыс. И вот в воскресенье, 4 ноября, лаконичный хроникер снова берет перо, и вовсе не затем, чтобы описать несчастья, постигшие экипаж. Он пишет: «Под килем у нас 110 саженей. В 9 часов на горизонте показалась земля. Мы сдвинули корабли, сами приоделись и салютовали командиру из бомбард, подняв флаги и штандарты». Несложно догадаться, какой накал эмоций кроется за этим лаконичным отчетом. Они не видели землю 93 дня, проделали 4500 миль в открытом море и выжили. Это было крупнейшее достижение португальской навигации. Для сравнения: плавание Колумба на Багамы продолжалось всего 37 дней.
Правда, они немного промахнулись и высадились на берегу широкой бухты в 125 милях к северо-западу от мыса Доброй Надежды. Тут моряки наконец смогли заняться ремонтом, в котором давно нуждались их суда, уборкой, починкой парусов. Они набрали свежей воды и набили дичи. Похоже, что здесь португальцам впервые удалось воспользоваться астролябией, бесполезной на скачущей от качки палубе, и точно определить широту своего местонахождения.
Были и стычки с туземцами. Хроникера удивил тот факт, что многочисленные собаки этих «темнокожих» людей похожи на португальских собак и даже лают, как в Португалии. Одного туземца они поймали, привели на корабль и накормили. Однако толмачи не смогли понять местное наречие. «Они говорят, будто икают», — замечает автор дневника. Это были кой-коин, пастушеские племена Юго-Западной Африки, которых впоследствии европейцы, имитируя их произношение, назвали готтентоты.
Поначалу туземцы не проявляли враждебности. Хроникер даже получил от них подарок: футляр для пениса, какие носили их мужчины. Но потом произошла стычка, в которой да Гама был легко ранен копьем в ногу. «Так случилось, потому что сначала они показались нам людьми робкими, неспособными к насилию и мы не взяли оружие». Португальцы усвоили урок и впредь при высадках проявляли осторожность, бывали хорошо вооружены и при малейшей провокации открывали огонь.