Однако сам генерал не думал о смерти. Давно участвуя в благотворительной деятельности в поддержку образования, он задумал создать невиданное в истории России учебное заведение — народный университет. По мысли Шанявского в его университете должны были получать образование те, кто не мог по формальным причинам получить места в государственных вузах, — те, кто получал образование на курсах, публичных лекциях, путем самообразования. Таким образом, народный университет должен был стать вершиной пирамиды системы вспомогательного образования в России.
3 октября 1905 года Шанявский подписывает завещание, в котором большую часть своих капиталов и доходов он передает городу для организации народного университета. Генерал поставил жесткий срок — занятия должны были начаться не позднее 3 октября 1908 года, в противном случае все средства переходили другому детищу Шанявского — Петербургскому женскому институту. Замысел и структура нового учебного заведения были столь необычными, что для того, чтобы он смог воплотиться в жизнь, потребовалось принятие Государственной думой Российской империи особого законоположения. Немало пришлось потрудиться и чиновникам Министерства народного просвещения, чтобы интегрировать народный университет в систему образования. Но все трудности удалось преодолеть, и 2 октября 1908 года профессор А. Ф. Фортунатов прочел первую лекцию в новом учебном заведении[61].
Университет имел два отделения: научно-популярное (4 года обучения по программам общего среднего образования) и академическое (3 года по университетским программам естественно-исторического, общественно-юридического и историко-филологического профилей).
Принимались лица не моложе 16 лет. Документы об образовании не требовались. Допускалось самостоятельное комплектование учебного курса предметами по выбору. Среди слушателей университета были служащие, учителя, ремесленники, рабочие.
Преподаватели могли не иметь официальной ученой степени, но условием приема на работу был опыт педагогической и научной деятельности. В университете работали крупные ученые, оставившие правительственные учебные заведения вследствие своих прогрессивных настроений, — П. Н. Лебедев, Ю. В. Готье, А. Н. Реформатский, П. П. Блонский и др.
В университете вели занятия М. Н. Гернет, М. Н. Розанов, А. Ф. и С. Ф. Фортунатовы, Н. К. Кольцов, П. П. Лазарев, М. В. Павлова, В. П. Шереметевский, Ю. И. Айхенвальд, Г. Г. Шпет и др.
В семинарских занятиях и публичных диспутах принимали участие ученые из многих московских высших учебных заведений. Окончившие курс не получали дипломов и соответствующих служебных прав, но учебная система университета привлекала молодежь, нуждавшуюся в получении или пополнении образования.