Так начинается первый акт внутриукраинского раскола. Если основатель государства воображал преемственность власти такой, какую он знал по Речи Посполитой, где сейм утверждал на троне членов одной династии, на деле система напоминала скорее Молдавию и Валахию, где новых господарей возводили на трон и свергали по воле султана или хотя бы с его одобрения. В отличие от дунайских княжеств, за Украину соперничали три державы: Россия, Речь Посполитая и Османская империя. Какая бы из них ни победила, это означало неминуемое поражение казаков. Система передачи власти в Гетманщине показала свое несовершенство и стала фактором дестабилизации Восточной Европы.
Осенью 1657 года, отодвинув в сторону Юрия Хмельницкого, гетманскую булаву взял Иван Выговский. Его биография заметно отличалась от жизненного пути отца Юрия. Выговский родился в семье признанной православной шляхты, которая не беспокоилась о своем привилегированном положении в обществе. Не знал таких забот и сам Иван. Его избрание гетманом стало успехом примкнувшей к восстанию шляхты и поражением старых казаков, до 1648 года пребывавших в реестровом войске. Показательным стало назначение нового генерального писаря — Выговский дал эту должность не заслуженному казаку, а магнату, чьи латифундии немногим уступали имениям Вишневецких. Его звали Юрий Немирич.
Получив редкое по тем временам образование, Немирич примкнул к радикальному крылу реформации — отвергнувшим догмат о Троице социнианам, которых называли также арианами. (В Америке аналогичная конфессия, унитарианство, пустила корни в конце XVIII века благодаря прославленному ученому Джозефу Пристли.) Немирич учился в арианской коллегии в Центральной Польше, затем путешествовал по Западной Европе, учился в университетах Лейдена и Базеля, по неподтвержденным сведениям — и в Оксфорде с Кембриджем. Во время “Потопа” Немирич принял сторону шведов-лютеран. Впрочем, политика Карла X его вскоре разочаровала, он перешел в православие, сблизился с Богданом Хмельницким и уехал на Левобережье, в возвращенные ему старые владения.
Среди казаков многим пришлось не по душе усиление шляхетской партии во главе с Иваном Выговским. Открыто возмутились запорожцы, те самые, что привели Хмельницкого-старшего к власти весной 1648 года. Теперь же к северу от порогов, на хорошо освоенных землях Среднего Поднепровья, возникло казацкое государство, отобравшее у них не только возможность утверждать гетмана, но даже имя — Войско Запорожское. Сечевики, негодуя на то, что их оттерли в сторону, потребовали провести выборы у них, на Низу. Полномочия Выговского таким образом поставили под сомнение, а некоторые полковники охотно прислушивались к запорожцам и готовы были их поддержать. Еще одна угроза новому гетману исходила из Москвы: царь признал за непокорной Сечью право контактировать с его чиновниками напрямую. Российское правительство не упустило шанс использовать распри на Украине для того, чтобы ослабить Выговского, лишить его той самостоятельности, какой пользовался покойный Хмельницкий.