В. Н. Романов получил разрешение взять с собой в ссылку одного из своих людей, но так как во время ареста с ним не оказалось никого из слуг, то он отправился один. Во время дороги в Яранск И. Некрасов должен был следить, чтобы Романов, названный «царским злодеем», ни с кем не общался, «лиха никоторого над собою не учинил» и не сбежал. В всех своих разговорах с Романовым он обязан был доносить в столицу.
На содержание Василия пристав получил 100 рублей, по тогдашнему времени, большую сумму. Ежедневно было приказано давать Романову и его «детине», то есть слуге, «по калачу да по два хлеба денежных, да в мясные дни два блюда рыбы, какова где случится, да квас житный». По приезде в Яранск Некрасову было предписано выбрать двор, отдаленный от других дворов, поселить там ссыльного и поставить себе избу при этом дворе для наблюдения за Василием Никитичем. Сотник Некрасов, опасавшийся побега ссыльного, заковал его и, «посадя в телегу, повез с Москвы».
В Чебоксарах пристав расковал Василия Никитича, но последний, желая оставаться на свободе, выкрал ключ от замка и бросил его в воду. За такое «воровство» Некрасов прибрал другой ключ «и на него чепь и железа положил». 9 августа 1601 года был получен царский указ, повелевавший перевести Василия Никитича в Пелым и поместить его там вместе с его братом Иваном Никитичем, под надзором его пристава, стрелецкого головы Смирного Маматова.
Большую часть пути от Яранска до Верхотурья В. Н. Романов прошел пешком. Днем, во время ходьбы, с него снимали цепи, а ночью вновь заковывали. В Верхотурье Василий Никитич сильно заболел, из-за чего его везли в санях «простого», но только он почувствовал себя лучше, пристав велел надеть на него цепи. Прибыв в Пелым 20 ноября 1601 года, Некрасов сдал В. Н. Романова голове стрелецкому Смирному Маматову, «больна, только чуть жива, на чепи». Он также передал и кормовые деньги – «девяносто рублев десять алтын две деньги». Несмотря на то, что Василий Никитич «опох с ног», Маматов оставил его первое время в оковах и посадил в одной избе с Иваном Никитичем, тоже скованным. Чтобы они не могли подходить друг к другу, их держали прикованными к стене, в разных углах избы.
В январе 1602 года Некрасов и Маматов получили выговор от царя за плохое обращение с ссыльными братьями. В этой грамоте приказывалось расковать обоих и давать им «корм доволен». В середине января 1602 года Смирной Маматов велел снять цепи с Василия Никитича из-за его тяжелой болезни.
Кроме Ивана Никитича, в избе находился его слуга Семен по прозвищу «Натирка»; он-то и ухаживал за больным Василием. Смирной Маматов навещал Василия Никитича и несколько раз «попа к нему пущал». По официальной версии, Василий Никитич Романов скончался 15 февраля 1602 года. На его похороны было заплачено 20 рублей трём попам, дьячку и пономарю, что по тем временам составляло огромные деньги. Коррупция была изобретена не вчера, так что вполне возможно, что это была плата за инсценировку смерти узника. А уже во вторник второй недели поста будущий Самозванец ищет попутчиков для поездки на богомолье в Киев.