Эскизный проект комплекса наземного оборудования и агрегатов системы С-50 разрабатывался в ГСКБ Спецмаш под руководством В. П. Бармина в соответствии с Постановлением СМ СССР № 1148–5911. По замыслу, система должна была состоять из 35 модернизированных 20-канальных комплексов «Б-200—В-300», расположенных вокруг Ленинграда в виде одного кольца радиусом 50 километров.
Тематическое руководство разработкой системы С-50 осуществлялось КБ-1. С 1957 года непосредственной разработкой системы С-50 занималось кунцевское ОКБ-304. С утверждением планового задания на систему С-50 фронт работ увеличился. Вокруг Ленинграда началось строительство кольцевой и подъездных дорог, велась инженерная подготовка будущих объектов, выпускалась конструкторская документация, изготавливались опытные образцы модернизированной аппаратуры.
Вопрос о ходе работ по созданию С-50 был вынесен на заседание Совета обороны в 1957 году. А. А. Расплетин находился на полигонных испытаниях 75-й системы и поручил начальнику тематической лаборатории по С-50 В. П. Черкасову сделать от его имени доклад.
Как вспоминал В. П. Черкасов:
Присутствовавшие знали о создаваемой системе ПВО Ленинграда и в начале заседания отнеслись к идее одобрительно.
Через некоторое время с места поднялся маршал И. С. Конев и сказал, что Ленинград — это не Москва, а пограничный город, и сосредоточение вокруг него большого количества стационарных комплексов и ракет противоестественно. Он предложил развернуть на уже выбранных и освоенных объектах одноканальные подвижные комплексы С- 75, что при значительно меньших затратах обеспечит необходимую защиту от нарушителей воздушного пространства.
После выступления Конева обстановка изменилась. Все ораторы, вопреки ими же принятым ранее решениям, поддержали предложение Конева и высказались за С- 75, что и было отражено в постановлении Совета обороны.
Расплетин, получив известие о постановлении Совета обороны, задумался, а затем произнес:
— А ведь Конев прав.
В 1958 году разработка стационарной системы С-50 по типу С-25 была прекращена.
После того как был сделан вывод о нецелесообразности дальнейших работ по стационарной системе, на части уже возведенных объектов под Ленинградом решили разместить разрабатываемые комплексы средней дальности С-75, объединив их с элементами уже созданной системы управления С-50. При переводе стационарной системы С-50 в систему с передвижными средствами она получила индекс С-100.
Головным разработчиком автоматизированной системы С-100 (АСУ-100В) было определено московское ОКБ-563 («НИИ автоматической аппаратуры им. академика В. С. Семенихина».