Приказом РВСР все вооруженные силы СССР, расположенные в Забайкалье и на Дальнем Востоке, объединены в Особую Дальневосточную армию (ОДВА).
13 августа: Приказом ОГПУ создан Особый отдел ОДВА с непосредственным подчинением Особому отделу ОГПУ СССР.
18 августа: китайские вооруженные отряды осуществили массовое вторжение на советскую территорию.
29 августа: Политбюро ЦК ВКП(б) указало ОГПУ на необходимость принятия мер по пресечению антисоветской деятельности троцкистов.
С лета 1929 по февраль 1930 года по обвинению во вредительской контрреволюционной деятельности ОГПУ проведена серия арестов бывших офицеров в Центральных артиллерийских мастерских и в Артиллерийском управлении РККА.
Октябрь: начальником Особого отдела ОГПУ назначен Я.К. Ольский.
11—12 октября: соединениями ОДВА проведен упреждающий удар по китайским войскам на Сунгарийском направлении.
22 октября: в печати опубликовано сообщение о том, что «органами ОГПУ раскрыта и ликвидирована контрреволюционная вредительская и шпионская организация в военной промышленности СССР», состоявшая из бывших высших чинов царской армии. Всего по делу арестован 91 человек, из них пять — бывшие генералы Н.Г. Вы-сочанский, В.С. Михайлов, В.Н. Деханов, В.Л. Дымман, Н.В. Шульга — по решению Коллегии ОГПУ расстреляны.
30 октября — 2 ноября: советскими войсками против китайских войск успешно проведена Фугдинская операция.
Ноябрь: ОГПУ арестован агент-нелегал польской разведки бывший военный летчик Р. Пржевлоцкий, бежавший в Польшу в 1928 году и переброшенный после вербовки противником обратно в СССР.
17–20 ноября: советские войска провели Маньчжуро-Чжалайнорскую операцию на окружение, завершившуюся полным разгромом китайской армии.
21 ноября: принято Постановление ЦИК СССР «Об объявлении вне закона должностных лиц — граждан Союза ССР за границей, перебежавших в лагерь врагов рабочего класса и крестьянства и отказывающихся вернуться в Союз ССР». При этом установлено, что «настоящий закон имеет обратную силу».
22 декабря: в Хабаровске подписано советско-китайское соглашение о восстановлении на Китайско-Восточной железной дороге положения, существовавшего до конфликта.
За год по делам ОГПУ арестованы 162 726 человек, осуждены — 56 220, приговорены к высшей мере наказания — 2109.
1930 год
Январь: по обвинению во вредительстве арестованы сотрудники военно-химического управления Главного управления военной промышленности бывший генерал Б.К. Корнилович и Н.М. Шифров.
26 января: в результате спецоперации ОГПУ в Париже похищен председатель Русского Обще-Воинского союза генерал А.П. Кутепов.