К сожалению, сам философ оказался не столь благороден, как его покровитель. Когда Эссекса обвинили в заговоре, Бэкон выступил одним из его обвинителей. После казни фаворита в 1601 году, Елизавета, чувствуя свою уменьшающуюся популярность, попросила Бэкона написать трактат, оправдывающий эту казнь. Бэкон с готовностью исполнил просьбу королевы и надеялся, что Елизавета приблизит его к себе. Но королева выразилась о нем так: «Есть такие услуги, за которые награждают, но не уважают.»
Свои мечты о высокой государственной должности Френсис Бэкон смог осуществить только после смерти Елизаветы, в правление Якова I, Стюарта. В 1618 году он стал лордом-канцлером английского королевства. А в 1620 году выпустил в свет свой главный философский трактат «Новый Органон», который, по его мнению, должен был заменить «старый» «Органон» – логический трактат Аристотеля. Бэкон провозгласил принцип: «Изобретающий ум есть орган науки». Эта книга, буквально перевернувшая весь ход развития европейского философского и научного мышления, вознесла Бэкона на вершину славы, подтверждая то, что он писал о себе много раньше: «Я только звонарь, который встал раньше других для того, чтобы всех созвать в церковь».
Сущность научного метода познания, который Бэкон назвал эмпирическим, состояла в том, чтобы любую идею, возникшую в сознании, проверить в ряде специально поставленных опытов – экспериментов. Далее вступает в дело «новый органон» или «новая логика», основу которой у Бэкона составляет индукция. Индукция, по мысли Бэкона, должна проводить анализ опыта и различать основные его элементы, которые либо подтверждают, либо опровергают проверяемую идею.
Человеческому мышлению, считал Бэкон, присущи существенные изъяны, искажающие истину и мешающие получению новых знаний. Эти изъяны он назвал идолами. Таких идолов четыре: идол рода (присущ человеку как виду разумных существ: «Человеческий разум как неровное зеркало, которое, отражая вещи, смешивает свою природу и природу вещей и тем самым искажает ее и нарушает»); идол пещеры (Бэкон заимствует сюжет платоновского мифа, только в качестве стен пещеры выступают знания и привычки полученные человеком в процессе его воспитания); идол рынка (т. е. идол «языка» – высказывая мысль, мы уже ее искажаем, в еще более искаженном виде она воспринимается другими людьми, искажается ими при передаче далее и т. д.); идол театра (в истории человеческой мысли накопилось столько идей, концепций, теорий, что теперь человек чувствует себя как в театре, на сцене которого как актеры играют все эти теории, заслоняя реальность).