Но были не только цветы, не только восторги, было и другое - вспышки вражды между жителями, беспорядки, недовольство. Некоторые из местных греков, пользуясь удобным моментом, торопились свести счеты с теми, кого они называли "якобинцами", и заодно проверить, что лежит у них в сундуках. Особенно много таких объявилось на острове Кефалония. В городе Лискуры один тип подговорил толпу напасть на своего давнего личного врага, обвинив его в сочувствии якобинцам. Бедному "якобинцу" наверняка пришлось бы худо, если бы не русский мичман, случайно здесь оказавшийся. Мичман задержал зачинщика, а толпе объявил, что отныне чинить самосуд никому дозволено не будет, что если у жителей есть к кому-то какие-то претензии, то пусть о таковых донесут главнокомандующему адмиралу, а уж главнокомандующий решит, как быть. Толпа послушалась его и разошлась. Но ненадолго. Вскоре с дубинками и ружьями появились "крикуны" из окрестных деревень, и охота на "якобинцев" возобновилась. Русские пикеты пытались предотвратить бесчинства, но не смогли. Пришлось вмешаться самому Ушакову. Он приказал трем фрегатам приблизиться к городу на картечный выстрел и, если бесчинствующие толпы не внемлют предупреждениям, будут буянить и грабить своих же граждан, коих подозревают в "якобинстве", открыть по ним стрельбу сперва холостыми зарядами, а затем, если сие не подействует, картечью. Решительные меры быстро привели в чувство расходившихся погромщиков, они присмирели и разошлись по домам.
Ушаков, разумеется, понимал, что поддерживать порядок под страхом применения оружия долго нельзя. Необходимы были государственные органы власти, которые могли бы взять эту заботу на себя. Однако создание таких органов оказалось делом совсем не простым. Учрежденные на островах временные органы самоуправления оказались малоэффективными. В них шла грызня между представителями слоев населения. Дворяне, не желавшие сидеть в правлениях рядом с "чернью", истолковывали рекомендации главнокомандующего эскадрой по осуществлению самоуправления на свой лад, как им было выгоднее. Всюду царило недовольство.
24 марта Ушакову доставили петицию, подписанную 259 жителями города Занте. В петиции выражалась просьба вернуть населению те права, которые Ушаков дал им будучи на острове и которые узурпировали с тех пор дворяне. "Преимуществами, дарованными вам Богом, - писали они, - наставляли и поучали вы нас в первый день вашего прибытия на остров Занте, тот же дух да благоволите превратить настоящее правление в островах имянным вашим подписанием". Авторы письма считали справедливым выбирать судей не только из дворян, которых на острове всего триста семейств, но и из "лекарей, стряпчих, законоистолкователей, нотариусов, купцов, а также промышленников, заводчиков, мастеровых, художников, которых в одном только городе считается несколько тысяч".