. Как это часто случалось с первыми железнодорожными проектами, Общество недооценило стоимость строительства, отчасти из-за собственной некомпетентности, отчасти из-за всеобщей коррупции, и неоднократно обращалось к правительству с просьбой о предоставлении дополнительных средств на завершение того или иного из многочисленных проектов. Это привело к смятению среди аристократии, поскольку несколько министров и даже члены царской семьи имели в Главном обществе значительные пакеты акций.
После череды новых переговоров в 1860-х годах строительство большинства линий была закончено, и в России начала образовываться железнодорожная сеть.
Хотя Александр II с большим доверием относился к свободному предпринимательству, нежели его отец, частных предпринимателей по-прежнему невозможно было убедить строить железные дороги целиком и полностью на свой страх и риск. Было сомнительно, что российская экономика, до сих пор базировавшаяся преимущественно на сельском хозяйстве и горном промысле, способна обеспечить прибыльную работу железных дорог. Несмотря на это, правительство понимало важность создания железнодорожной сети и в 1866 году разработало план ее расширения. Это послужило толчком к невиданному ни до, ни после рывку в развитии российской железнодорожной транспортной системы: в первое десятилетие, до 1877 года, их общая протяженность, составлявшая 4816,7 км, увеличилась почти втрое, а затем еще удвоилась к 1897 году, когда было закончено строительство отрезка Транссибирской магистрали.
И хотя этот железнодорожный бум помог нескольким дельцам, «железнодорожным баронам», как их стали называть, значительно обогатиться — основной движущей силой по-прежнему оставалось государство. Дело в том, что железнодорожные магнаты чаще видели свою выгоду в получении прибыльных контрактов от государства, нежели в строительстве линий, способных приносить доход. На самом деле большинство рисков, связанных со строительством и эксплуатацией железных дорог, брало на себя государство, в то время как учредителям железнодорожных компаний по-прежнему гарантировался возврат денежных средств. С ростом уверенности в российской экономике появилось несколько частных железнодорожных компаний, но в целом участие государства в проектах оставалось ключевым, поскольку ни одна линия не могла быть построена без его разрешения и, в подавляющем большинстве случаев, без его финансовой поддержки. Сложная система частно-государственной собственности была рационализована в конце 1880-х годов министром финансов Николаем Христиановичем Бунге, которому впервые удалось создать настоящую железнодорожную сеть. Железные дороги, находившиеся в частном и государственном владении, вынуждены были взаимодействовать, например, путем формирования единых тарифов и использования подвижного состава друг друга там, где это было целесообразно. Это задало тон строительству Транссибирской магистрали, которая, бесспорно, была государственным проектом.