.
Вдобавок ко всем трудностям, с которым приходилось сталкиваться строительным бригадам, все — от лошадей и телег до щебня и нужного сорта дерева — было в дефиците. Печальная ирония заключалась в том, что местный лесоматериал, которого в бескрайней тайге было в избытке, не подходил для строительных нужд, поскольку не обладал необходимой прочностью и долговечностью. Шпал из местного непросушенного лесоматериала едва хватало на год или два, в результате приходилось его везти из лесов, находившихся за 500 км от места стройки.
На Меженинова также оказывалось давление. Витте и сформированный им комитет были так впечатлены успехами Михайловского, что решили перенести дату завершения строительства линии в целом на 1899 год, пускай даже с необходимостью паромного сообщения на крупных реках и озере Байкал. Меженинов сначала надеялся продвинуться дальше на восток, закончив первый отрезок от Оби до Красноярска на Енисее, а затем начать работать над прокладкой оставшейся части маршрута до Иркутска. Однако настойчивые требования Витте ускорить строительство означали, что Среднесибирская дорога должна быть закончена через пять, а не через семь лет, и это вынудило Меженинова начать работы на втором участке раньше, чем планировалось. Более того, он предполагал начать работы сразу с двух концов, но запоздалое исследование Ангары, вытекающей из озера Байкал в районе Иркутска, по которой должна была осуществляться доставка рельсов и стройматериалов, выявило, что из-за отмелей и порогов река непроходима для барж. Трудности усугублялись банкротством литейной мастерской в Иркутске, которая, как надеялся Меженинов, должна была поставлять рельсы. В результате он решил начать работы силами только одной группы, двигаясь на восток от Красноярска.
В свете всех этих трудностей нет ничего удивительного в том, что именно на Среднесибирском участке строителям чаще всего приходилось идти в обход правил. Недостаточное снабжение, с одной стороны, и требование строить как можно быстрее — с другой, привели к тому, что все делалось кое-как. Меженинов, прокладывая дорогу, вынужден был руководствоваться соображениями экономии, намеренно уменьшая радиус поворотов и крутизну уклонов. Насыпи сооружались уже и ниже, чем того требовала технология; балластный слой был слишком тонким, а вес рельсов, составлявший менее 22 кг на метр, был примерно на треть меньше веса стандартных рельсов, использовавшихся при строительстве железных дорог в Европе и Америке. Все это означало проблемы в будущем, и в первые годы эксплуатация Транссиба сопровождалась почти непрерывной чередой ремонтных работ и требовала постоянного вложения средств в устранение недостатков, допущенных при строительстве линии.