По иронии судьбы, именно избыток воды стал причиной неописуемых бед и задержки пуска всей линии в целом. В июле 1897 года из-за сильных дождей уровень воды в восточносибирских реках поднялся, что привело к масштабному наводнению. Железной дороге был нанесен значительный ущерб. Было повреждено свыше 3700 км только что уложенных путей, а в районе Сретенска гигантский оползень снес десятки мостов и несколько километров путей. И снова на размер ущерба повлияло отсутствие должным образом проведенных изысканий, которые позволили бы оценить вероятность наводнения на отдельных участках.
Среди прочих неприятностей были засуха, наступившая вслед за наводнением, и вспышка сибирской язвы, которая привела к гибели множества лошадей и нескольких человек и, что самое ужасное, к массовому бегству рабочих из лагеря. Двое подрядчиков, ссылаясь на большие убытки, вышли из дела. Тем не менее, Пушечников дошел до Сретенска, и в январе 1900 года состоялось предварительное открытие линии, а летом того же года на ней началось регулярное движение.
Пушечников также отвечал за строительство короткого отрезка от Иркутска до Байкала протяженностью около 65 км. Здесь планы поменялись уже на поздней стадии строительства. Первоначально предполагалось построить через Ангару понтонный мост, который позволил бы поездам подходить вплотную к городу, а затем вести дорогу по западному берегу до поселка Листвянка. Однако Ангара, единственная река, вытекающая из огромного Байкала и имеющая в истоке ширину около 1 км, оказалась куда более бурной и неукротимой, чем предполагалось. Понтонный мост был признан рискованным предприятием, и потому стали рассматриваться другие идеи. Князь Михаил Иванович Хилков — министр путей сообщения, который внимательно следил за ходом строительства, руководствуясь при этом в основном распоряжениями Витте, — решил, что путь по южному берегу проще и короче, и линия так и не прошла по тому берегу, на котором располагается Иркутск. Это сохраняется и поныне[78]. Выбранный вариант, может, и казался короче, но, как показали подробные изыскания, точно не был простым. Из-за трудностей при строительстве регулярное сообщение на этом коротком отрезке до порта Байкал открылось только летом 1900 года. По словам Таппера, «там, где планировалось строить на пологих склонах, приходилось взрывать отвесные скалы, чтобы создать полки для прокладки дорожного полотна, а там, где вместо скал была земля, возникала необходимость сооружать подпорные стенки, а мимо со скоростью два метра в секунду несла свои воды Ангара»