Учитывая спешность постройки, Комитет всегда был готов выделить деньги, что позволяло вести строительство одновременно более чем на 20 отрезках, протяженность каждого из которых составляла от 80 до 160 км. Так же, как на Забайкальской железной дороге, обширные участки вечной мерзлоты приходилось взрывать или растапливать с помощью костров, дрова для которых во многих местах приходилось везти за сотни километров. Многие трудности, с которыми столкнулись создатели Транссиба, повторились и на КВЖД, например, весенние паводки, смывавшие участки только что построенной линии. Но, тем не менее, строительство шло быстрыми темпами — благодаря вкладываемым ресурсам.
Однако кроме капризов природы существовали и два других препятствия, мешавших строительству дороги: болезни и недовольства. Чтобы поддержать захват Ляодунского полуострова и Порта-Артура, летом 1898 года было начато строительство 885-километровой линии между Харбином и Порт-Артуром, получившей название Южно-Маньчжурской железной дороги (ЮМЖД). Россия уже приступила к укреплению порта и превращению его в военно-морскую и угольную базу для Дальневосточного военного и торгового флотов, а для этого нужна была железная дорога. Линия проходила через самый густонаселенный район Маньчжурии. Вскоре после начала строительства в Инкоу, расположенном примерно в 320 км от Порт-Артура, разразилась эпидемия бубонной чумы. Благодаря оперативным действиям русских властей распространение заболевания удалось остановить, но паника среди китайцев, занятых на разных строительных участках, все равно возникла, и многие из них бежали, бросив работу. В 1902 года на юге Маньчжурии произошла вспышка холеры, которая распространилась на Харбин и прилегающие к линии районы. На этот раз среди заразившихся оказались русские рабочие, и снова началась паника, в результате которой на некоторых участках работы не велись большую часть летнего строительного сезона.
Китайцы подозревали, что русские специально устраивают ненужную шумиху вокруг строительства КВЖД и связанных с ним трудностей, и что на самом деле все это является частью империалистического заговора. Один из бывших управляющих линией Чин Чун Вонг в 1920-е годы писал, что, по его мнению, строительство железной дороги в целом, не считая длинного туннеля под Большим Хинганом и моста в Харбине, не представляло особой сложности, и что дело специально «приукрашивали», чтобы привлечь русских в Маньчжурию: «Есть немало доказательств тому, что швыряние денег направо и налево поощрялось. Огромные суммы тратились на возведение величественных дворцов, многочисленных казарм, роскошных клубов, великолепных церквей и школ и т. д., и все только для того, чтобы убедить русских селиться вдоль Китайско-Восточной линии)»