Султан, погруженный теперь в удовольствия обычной и соколиной охоты, в мир музыки и дворцовых балов, тем временем размышлял что же он будет делать с этой страной, которую покорил со столь неожиданной легкостью. Предполагалось, что он оккупирует Венгрии и оставит там свои гарнизоны, добавив ее к империи, как он поступил с Белградом и Родосом. Но в данный момент он предпочел довольствоваться плодами своей ограниченной победы. Его армия, по существу пригодная к ведению боевых действий только в летнее время, страдала от суровой, дождливой погоды долины Дуная. К тому же приближалась зима, и его войско не было способно осуществлять контроль над всей страной. Более того, присутствие султана требовалось в столице, чтобы разобраться с беспорядками в Анатолии, где надо было подавить восстания в Киликии и Карамане. Пути сообщения между Будой и Стамбулом были очень длинными. По словам историка Кемаль-паши-заде, «время, когда эту провинцию следовало бы присоединить к владениям ислама, еще не пришло. Дело было отложено до более подходящего случая».
Поэтому Сулейман соорудил мост из лодок через Дунай к Пешту и после предания города огню повел свои войска домой вдоль левого берега реки.
Его уход оставил в Венгрии политический и династический вакуум. Два соперничающих претендента стремились заполнить его, оспаривая корону умершего короля Людовика. Первым был эрцгерцог Фердинанд Габсбург, брат императора Карла V и шурин бездетного короля Людовика, на трон которого он имел законные основания претендовать. Его соперником-претендентом был Запольяи, правящий князь Трансильвании, который, как венгр, мог привлечь на свою сторону закон, исключающий участие иностранцев в борьбе за трон его страны, и который с его по-прежнему свежей и не измотанной в боях армией практически контролировал большую часть королевства. Сейм, состоявший в основном из венгерской знати, выбрал Запольяи, и тот вошел в Будапешт, чтобы быть увенчанным короной. Это устроило Сулеймана, который мог рассчитывать на то, что Запольяи выполнит свое обещание, тогда как сам Запольяи получил материальную поддержку от Франциска I и его антигабсбургских союзников. Однако несколько недель спустя соперничающий сейм, поддерживаемый прогерманской частью родовой знати, выбрал Фердинанда, который уже был избран королем Богемии, королем Венгрии. Это привело к гражданской войне, в которой Фердинанд на свой страх и риск пошел походом на Запольяи, нанес ему поражение и отправил в изгнание в Польшу. Фердинанд, в свою очередь, был коронован как король Венгрии, оккупировал Буду и начал строить планы создания центрально-европейского государства Габсбургов, образованного из Австрии, Богемии и Венгрии.