Сигизмунду удалось спастись, и он сумел добраться до своих судов на Дунае вместе с Великим Магистром ордена рыцарей-госпитальеров, в то время как оставшиеся в живых солдаты его армии вместе с уцелевшими рыцарями бежали перед османами. Некоторые из них достигли судов, но тысячи других вынесли жестокие тяготы, совершив переход через Карпаты. На следующий день Баязид, осматривая поле битвы и оценивая свои потери, приказал истребить пленных, избавив от смерти только графа Неверского, его советников и ряд богато одетых рыцарей в надежде получить за них солидный выкуп. Пленников заставили встать за спиной султана, чтобы те видели, как обезглавливали стоящих на коленях, связанных друг с другом их товарищей по оружию.
«Число людей, убитых сегодня, – гласит запись, – оценивается в десять тысяч человек». Вот так последний из крестовых походов закончился катастрофическим поражением от мусульман в самом сердце христианской Европы. Султан, удовлетворенный своей победой, не был склонен развивать успех. В полной презрения прощальной речи он пригласил рыцарей вернуться и рискнуть еще раз сразиться с его войском. Пока же он повел свою армию для вторжения в Грецию, где захватил важные опорные пункты в Фессалии и женился еще на одной христианской невесте, дочери Елены Кантакузин. Он оставил своих военачальников для продолжения вторжения в Морею, где мусульманские колонии заселялись турками из Анатолии. Но Афины оставались в руках христиан.
Хотя теперь византийское наследство было наверняка в его руках, Баязид не стал тут же пытаться овладеть им, немедленно перейдя от осады к штурму Константинополя. Его сдерживало отсутствие достаточных морских сил в тот момент, когда после поражения под Никополем две морские республики – Венеция и Генуя – были резко настроены против него. После открытого конфликта с генуэзцами в Галате он попытался в 1399 году войти в город с отрядом численностью десять тысяч человек, но отступил, лишь только появился небольшой отряд судов под командованием французского маршала Бусико, единственного из оставшихся в живых под Никополем, кто принял вызов султана встретиться на поле боя. Он осуществил две последовательные экспедиции в поддержку генуэзцев и венецианцев, которые выходили на судах навстречу ему, и вступил в первое зарегистрированное морское сражение с османами, нанеся поражение флоту Баязида в Дарданеллах и преследуя его галеры вплоть до азиатских берегов Босфора. Прежде чем повернуть назад, он оставил в городе французский гарнизон и утвердил, в качестве соимператора Мануила, ненавидимого последним племянника узурпатора Иоанна.