Теперь приказы стали особыми учреждениями и переставали зависеть от какого-то отдельного лица. И были первые известные приказы: Ловчий (1509), Казенный (1512), Большого дворца (1534), Ямской (1550), Большого прихода (1554), Земский (1564), Стрелецкий (1571). Всего приказов известно больше 80, но среди них много было временных, для управления недавно вошедшими в состав Московии или отдаленных земель создавались территориальные приказы типа Малороссийского или Сибирского.
По подсчетам В. О. Ключевского, в середине XVII века было 15 приказов по военным делам, не менее 10 — по государственному хозяйству, до 13 — по дворцовому ведомству и 12 приказов — «в сфере внутреннего устройства и благочиния».
К концу XVII века сохранилось более 40 приказов, из них 26 — общегосударственных — финансовых, военных, судебных.
Приказы, конечно, были очень несовершенными бюрократическими учреждениями. Сравнить их можно разве что с древнеегипетскими «Домом всего, что дает небо и Нил», «Домом войны» и «Домом торговли». Тем более что некоторые приказы так и называли «Дворцами». Скажем, «Казанский дворец» или «Большой дворец». Для лучшего понимания потомков современные историки немного переделывают названия: типа «Приказ Большого дворца». Ошибки тут нет, но люди в XVII веке так не говорили, а говорили попросту: «Казанский дворец», и все тут. Так же, как египтянин говорил про «Дом войны», а вовсе не про «Министерство Дома войны».
В деятельности приказов смешивались судебные и административные функции, а ведомственный принцип самым причудливым образом смешивался с территориальным. Система приказов вовсе не образовывала стройного единства, и функции между ними разграничивались крайне плохо.
Поскольку «приказы возникли не по одному плану, а появлялись постепенно, по мере надобности, с усложнением административных задач, то распределение правительственных дел между ними представляется чрезвычайно неправильным и запутанным, на наш взгляд», — писал Владимир Осипович Ключевский.
Существовал, например, Разбойный приказ — понятно, чем он занимался. Но одновременно с ним существовал и Сибирский приказ. И возникает вопрос: какой из этих двух приказов должен был вершить суд над разбойником, хаживавшим с кистенем под Тобольском или под Томском?
Система приказов подчинялась непосредственно Боярской думе и лично царю. Самыми важными приказами командовали думные бояре и окольничие, а приказами — менее важными — думные бояре и дьяки.
К середине XVII века насчитывалось до 80 приказов, в каждом из них был свой штат — от 3 до 400 человек. Всего в Москве в 1640 году было 837 приказных людей. В 1660-е годы, по подсчетам Василия Котошихина, во всем Московском государстве было порядка 100 дьяков и 1000 подьячих. К концу XVII века число приказных в Москве возросло до 3 тысяч человек.