3 декабря 1564 года Иван Грозный с семьёй внезапно выехал из столицы на богомолье.
С собой царь взял казну, личную библиотеку, иконы и символы власти. Посетив село Коломенское, он не стал возвращаться в Москву и, проскитавшись несколько недель, остановился в Александровской слободе.
3 января 1565 года он объявил о своём отречении от престола в пользу старшего сына юного царевича Ивана Ивановича, по причине «гнева» на бояр, церковных, воеводских и приказных людей. После прочтения послания царя в Москве резко накалилась антибоярская обстановка — в Кремль пришли тысячи москвичей, разъярённых названными в послании изменами бояр, и Боярской Думе ничего не оставалось, как просить Ивана возвратиться на царство. Через два дня в Александровскую слободу прибыла депутация во главе с архиепископом Пименом, которая уговорила царя вернуться на царство. 5 января 1565 года государь Иван IV принимает решение учредить опричнину.
Когда в начале февраля 1565 года Иван Грозный вернулся в Москву из Александровской слободы, он объявил, что вновь принимает на себя правление, с тем, чтобы ему вольно было казнить изменников, налагать на них опалу, лишать имущества «без докуки и печалований» со стороны духовенства и учредить в государстве «опричнину».
Летописец возлагает вину за беды, обрушившиеся на государство, на саму «Русскую землю, погрязшую в грехах, междоусобной брани и изменах»: «И потом, по грехом Руския всея земли, восташа мятеж велик и ненависть во всех людях, и междоусобная брань и беда велика, и государя на гнев подвигли, и за великую измену царь учиниша опричнину» (5).
К посвящению в сан митрополита Филиппа, произошедшему 25 июля 1566 года, была подготовлена и подписана грамота, согласно которой Филипп обещал «в опричнину и царский обиход не вступаться и, по поставлении, из-за опричнины… митрополии не оставлять» (6), но 22 марта 1568 года в Успенском соборе Филипп отказался благословить царя и потребовал отменить опричнину. В ответ опричники насмерть забили железными палками слуг митрополита, затем против митрополита был возбуждён процесс в церковном суде. Филипп был извергнут из сана и сослан в Тверской Отроч монастырь.
В начале сентября 1567 года Грозный вызвал к себе английского посланника Дженкинсона и через него передал королеве Елизавете I просьбу о предоставлении убежища в Англии. Это было связано с известием о заговоре в земщине, поставившем целью свергнуть его с престола в пользу Владимира Андреевича. Основой послужил донос самого Владимира Андреевича; Р. Г. Скрынников признаёт принципиально неразрешимым вопрос, действительно ли возмущённая опричниной «земщина» составила заговор, или всё сводилось лишь к неосторожным разговорам оппозиционного толка. По этому делу последовал ряд казней, также в Коломну был сослан конюший боярин Иван Фёдоров-Челяднин, крайне популярный в народе своей неподкупностью и судейской добросовестностью (незадолго перед тем он доказал свою верность царю, выдав подосланного к нему польского агента с грамотами от короля).