Филиппу удалось выйти из войны без особых потерь. Его союз с Ганнибалом остался на бумаге, а новый флот, построенный в 203-202 годах до н. э. и укомплектованный в основном легкими лембами, пригодился ему самому для завоевания морского владычества в Эгейском и Мраморном морях. Во всяком случае, он сыграл определяющую роль при захвате Фасоса и принес македонянам победу над союзным этолийско-родосско-пергамским флотом в сражении у Милета. Но Филипп не знал еще, что эта победа была случайностью: чуть раньше объединенный флот одолел эскадру Филиппа у Хиоса, и от этого поражения он никогда уже не сумел оправиться.
В конце лета 201 года до н. э. в Рим отправились послы Пергама и Родоса с жалобой на Филиппа, использовавшего флотилии критских пиратов, фактически блокировавших родосскую торговлю. Чаша терпения родосцев переполнилась, когда один из агентов Филиппа каким-то чудом проник на родосскую верфь и поджег ее, уничтожив тринадцать триер. Римляне раздумывали. Но полгода спустя, когда Афины объявили войну Македонии, сенаторы сочли момент благоприятным и ультимативно потребовали у Филиппа возврата всех его приобретений и прекращения войны. Высокомерная позиция Антигонида привела его к полному разгрому на море.
Единственно реальной силой в восточном Средиземноморье стал Родос, и он не замедлил этим воспользоваться, создав под своей эгидой новую Островную лигу, чтобы очистить воды от разбойников. Одной из превентивных мер в этом направлении был приказ родосского наварха Эпикрата о запрете собирать эскадры в гавани Делоса для пиратских рейдов. Еще раньше, в 250 году до н. э., постановление о неприкосновенности Делоса приняли этолийцы.
Но время было упущено, благодаря постоянным политическим дрязгам на всех морях вспыхнула настоящая эпидемия пиратства.
В Адриатике была создана огромная разбойничья конфедерация со столицей в Ризоне, еще помнившем щедрые раздачи Тевты. Иллирийские пираты даже ввязались было в римско-македонские войны на стороне сына и преемника Филиппа - Персея, но в битве при Пидне почти весь их флот оказался уничтоженным и плененным.
Почувствовав слабость южных соседей, на морскую арену выступили пираты Далматии, превратившие в кровавую пустыню все междуречье Неретвы и Цетины и вынудившие римлян четырежды высылать против них карательные экспедиции - в 156, 155, 135 и 119 годах до н. э. Предпоследняя экспедиция заставила пиратов ретироваться в глубь страны, в бесплодные горные долины. Но со временем они вернулись. Изгнать их вновь оказалось задачей нешуточной: их базы были сделаны так добротно, что эти штурмы стоили римлянам немало крови, но впоследствии римские гарнизоны не раз поминали строителей добрым словом.