Умирающая игумения вспомнила и день наречения Агафьи — 16 ноября 1881 года, когда та «восприняла схимы» и была наречена Иннокентией. Теперь перед ее взором стояла не Агаша, а мать Иннокентия...
— Ты уж прости меня Христа ради... позови ко мне епископа... да девочек позови... пусть оденут меня потеплее... в последний раз по монастырю на салазках провезут...
К епископу обратилась с просьбой на ее место исполнять обязанности игумении назначить казначею матушку Магдалину. Мать Иннокентия помогала ей во всем — пусть встанет на место казначеи... Не знала матушка Таисия, что дни матушки Магдалины сочтены — у нее был рак легких. Она управляла монастырем с 18 июня 1891 года по 1 апреля 1892 года. Через девять месяцев не стало и ее...
Между тем было закончено строительство пятиярусной колокольни, высотой до креста двадцать две сажени. В верхнем ярусе были установлены часы, каждые пятнадцать минут «отбивавшие» время. Непосредственно к колокольне примыкала высокая ограда, по углам которой стояли караульные башенки.
Усопшая игумения Таисия, основательница Оренбургского Успенского женского монастыря, была захоронена в подготовленном склепе в правом приделе во имя Казанской иконы Божией Матери. После кончины и второй настоятельницы монастыря Указом Священного Синода от 7 августа 1892 года, в день престольного праздника монастыря — Успения Пресвятой Богородицы, по счету третьей игуменией назначается мать Иннокентия. Численность монахинь к тому времени достигла пятисот человек. Строительство монастыря не прекращается ни на один день. Возводится еще один спальный корпус, открываются иконописная и золотошвейная мастерские, восковой свечной завод, обеспечивающие монастырю значительные доходы. Церковно-приходская школа как очень шумная выносится за стены монастыря, разбивается монастырский сад, устраивается пруд, обсаженный ивой. Загородное монастырское хозяйство за Каргалкой становится образцовым, полностью обеспечивая питанием не только проживающих в монастыре — излишки реализовывались на рынке. Образцовым становится и монастырский хор, своим плавным звучанием привлекая большое количество богомольцев.
>Колокольня Успенского женского монастыря.
Под руководством художника Лукиана Попова, работавшего в те годы в Неплюевском училище, силами монахинь выполняется настенная роспись храма и спальных корпусов, включая и трапезную. И когда монастырь опоясали высокие каменные стены, он приобрел законченный вид. Колокольня и двухъярусный храм были видны с любой точки города. В то же время весь город был как на ладони, если смотреть на него с колокольни. Так усилиями Агафьи Семеновны Подковыровой — в миру, матери Иннокентии — после пострига, в Оренбурге возникла еще одна, после Караван-Сарая, жемчужина архитектуры города, придавшая ему своеобразный облик. И если Татьяна Кононова — мать Таисия была основательницей, то Агафью Подковырову, мать Иннокентию, по праву назвали строительницей Успенского женского монастыря. Ее работа не осталась незамеченной — она была награждена четырьмя крестами, в том числе 6 мая 1912 года была Высочайше награждена Золотым наперсным крестом с украшениями из кабинета Его Императорского Величества.