Так началась осада Оренбурга, продолжавшаяся до конца марта 1774 года. Ни гарнизон крепости во время своих вылазок не мог разбить крестьянские войска, ни неоднократные штурмы крепости восставшими не привели к захвату города. Штурм, проведенный 2 ноября, был настолько успешен, что восставшие чуть не ворвались в город, лишь удар с тыла, со стороны Зауральной рощи, заставил их отступить. Вылазка оренбургского гарнизона 13 января 1774 года кончилась почти полным разгромом сил, оборонявших город. Понеся большие потери, оренбургские части бежали под прикрытие крепостных валов и пушек.
Уже в январе 1774 года в Оренбурге ощущался острый недостаток продуктов. В марте город дошел до крайности и был на грани сдачи. Подоспевшие регулярные правительственные силы предотвратили возможность захвата Оренбурга повстанческой армией.
18 октября 1773 года крестьянская армия оставила свой лагерь на Казачьих лугах и перешла в Берды, где и разместилась частью в избах, частью в вырытых на дворах и в окрестностях слободы землянках. Калмыки разбили юрты.
Берды (ныне в черте Оренбурга) стали местом концентрации главных повстанческих сил, административным и военным центром, руководящим штабом и ставкой вождя восстания Е. И. Пугачева.
Участники восстания в своих письмах именуют Берды «городом Берды», а в шутку называют «второй Москвой».
Со всех сторон шли в Берды крестьяне для вступления в ряды крестьянской армии. Ее социальный и национальный состав был самый разнообразный. Здесь были яицкие и оренбургские казаки, «работные люди» с уральских заводов, приписные крестьяне, крепостные крестьяне, пленные и добровольно перешедшие к повстанцам солдаты, башкиры, калмыки, чуваши, татары, мордва. В половине ноября 1773 года крестьянская армия в Бердах достигла 10000 человек, из них половину составляли башкиры. Позднее, к концу оренбургского периода восстания, численность крестьянской армии возросла до 20000 человек.
Для руководства повстанческой армией, управления занятой территорией Е. Пугачев создал особый аппарат — Военную коллегию. Ее членами Пугачев назначил яицких казаков — Андрея Витошнова, Максима Шигаева, Данила Скобочкина, Ивана Почиталина и илецких казаков — Ивана Творогова и Максима Горшкова Военная коллегия занималась самыми разнообразными вопросами — военными, административными, хозяйственными, судебными. Она давала наказы начальникам отрядов — атаманам, заботилась о продовольствии, о военных припасах, разбирала жалобы населения, вырабатывала планы военных операций и т д.
Все войско было разделено на полки, частью по национальному, частью по территориальному и социальному признакам. Имелись полки: яицких казаков, илецких казаков, оренбургских казаков, калмыков, каргалинских татар, заводских крестьян, башкир и т. д. Все казаки, башкиры и калмыки являлись конным войском. Заводские рабочие и крестьяне составляли пехоту. Каждый полк стоял особо в своих землянках и имел свое полковое знамя. Кроме пехоты и кавалерии, имелась артиллерия, насчитывавшая 80 пушек. Вооружение армии в целом было очень слабое. Лучше всего были вооружены яицкие и оренбургские казаки, имевшие свое собственное оружие, и солдаты, перешедшие с оружием на сторону восставших