Для сборной Германии турнир начался как по заказу. Бо́льшую часть матча команда доминировала над соперником, и в конце концов игра закончилась не в пользу Криштиану Роналду и его команды (4:0). Нойеру дважды пришлось показать свои силы: уже на 8-й минуте Лам проиграл единоборство Велозу, который отправил мяч в штрафную площадь на Роналду. Но Нойер отбил этот удар с острого угла. В компенсированное время Нойера проверил на прочность все тот же Роналду, на этот раз штрафным ударом с 30 метров. Участие вратаря в построении игры также было важным моментом. Нойер постоянно принимал передачи от двух центральных защитников.
Матч против Ганы вызвал нехорошие воспоминания о ничьей 4:4 со Швецией. С самым сильным представителем Африки команда разошлась, поделив очки – 2:2. Нойер сыграл хорошо, но всё равно дважды пропустил, потому что порой растерянные игроки обороны его команды бросали его в беде. Нойер злился: «Своими ошибками мы вернули Гану в игру. Мы подарили им два гола. Такого на чемпионате мира происходить не должно. Мы дали слабину. Теперь мы понимаем, что пора спускаться с небес на землю. Мы ещё ничего не достигли».
В последнем матче группового этапа Германия победила США 1:0 и вышла из группы в 1/8 финала с первого места. Мануэлю даже не пришлось ловить ни одного мяча в игре против поразительно слабой команды американских парней, которых тренировал Юрген Клинсманн.
В 1/8 финала по истечении 120 минут немецкая команда победила сильную и, по крайней мере, периодически превосходящую их команду Алжира 2:1. Это была последняя встреча, в которой Йоги Лёву пришлось импровизировать с составом. Нойер компенсировал проблемы немецкой обороны, выступив не только как вратарь, но ещё и как пятый в цепочке защитников, как либеро. Его футбольные качества были задействованы максимально. После этой встречи Нойера нарекли титулом «Ману, либеро» – по аналогии с немецким телесериалом «Манни, либеро» (нем. Manni, der Libero»), который был снят каналом ZDF в 1981 году, состоял из 13 серий и рассказывал о пути становления молодого футболиста. (Летом 2010 года телеканал ZDFneo по случаю чемпионата мира в Южной Африке повторно транслировал все 13 серий.)
Десница Нойера
В четвертьфинале Нойер мог больше не идти на риск и не покидать ворота, потому что ситуация в защите стабилизировалась и теперь она действовала увереннее. В команду вернулся оправившийся от гриппа Матс Хуммельс. Лам отошел на позицию правого крайнего защитника, Боатенг – в центр. Жертвой перестановки стал Мертезакер. Лёв объяснил это тем, что Мертезакер действует слишком медленно для быстрой атаки французов. Против Алжира Нойеру пришлось сглаживать этот недостаток.