Через четверть часа Гвардиола сделал перестановку и добавил ещё одного защитника, и игра «Баварии» стала стабильнее. На 39-й минуте Нойер во второй раз превосходно отразил удар, на этот раз от Дани Алвеса. Баварцы стали чаще владеть мячом и отдавать больше точных передач. Однако их игра в основном была нацелена на то, чтобы не отстать от команды соперника. Из страха перед потерей мяча и последующей за ней контратакой трио Месси, Неймара и Суареса «Бавария» в центральной части поля редко использовала вертикальные передачи.
На 61-й минуте Нойер предотвратил гол, остановив Неймара за 30 метров до линии ворот. Так «Баварии» удалось до 77-й минуты продержать счёт неоткрытым, однако потом Месси вывел свою команду вперёд. В этом голе есть и небольшая вина Нойера. Атака началась с удара от ворот. Несколько игроков «Баварии» и «Барсы» что-то обсуждали с главным арбитром. Мануэль видел, что игроки «Барсы» ещё не вернулись на свои места и на левом фланге находились преимущественно баварцы. Поэтому он быстро передал мяч на Берната. Типичное действие в стиле Нойера. Гениально придумано и правильно выполнено. Бернат принял мяч, обошел соперника, но затем слишком далеко отпустил мяч от себя, так что внимательный и поджимающий игрока «Баварии» Дани Алвес отобрал его. Спустя несколько секунд Месси забил – 1:0. Позже вину за этот гол, как ни странно, свалят на Нойера – свидетельство того, что многие всё никак не могли смириться с его рискованным стилем игры. Если пересмотреть этот момент на YouTube, можно прийти к выводу, что всё было иначе. И в этом случае его действия были нисколько не рискованными. Они свидетельствовали о том, что существовала определённая зависимость его стиля игры от игры его партнеров. Когда он был вратарём в «Шальке», то чаще переживал подобные ситуации. Нойер как-то сказал, что он уверен лишь в том случае, «если у меня правильные люди в команде».
После гола Месси «Бавария» не остановилась, а ещё дважды пыталась провести контратаки. На 80-й минуте гений Месси увеличил счёт до 2:0, жирную точку в матче на третьей минуте компенсированного времени поставил Неймар – 3:0. Лучшим игроком «Баварии» всё же был назван Нойер, ведь без него исход матча решился бы ещё в первые 15 минут. Британская газета The Telegraph писала: «На фоне самой сильной команды на данное время и далёкой от идеала защиты своей команды Нойер показал блестящий результат». А итальянская газета Tuttosport считала: «В первом тайме Нойер держит немцев на ногах. А потом всё идёт наперекосяк».
Лучший спортсмен года в Европе