Однако не все люди были такими, как Роджер Уильямс. В 1637 году один надменный белый торговец вызвал ненависть племени пекот, которое обитало в Коннектикуте, и в конце концов один из индейцев его убил. Это означало войну, и эта война пошла по обычному пути.
Штурмовой отряд индейцев сжег только что основанный город Уэтерсфилд, убил несколько поселенцев, и это было первое побоище. Затем была смертоносная контратака. 26 мая 1637 года группа вооруженных поселенцев осадила 600 мужчин, женщин и детей племени пекот в их укрепленной деревне возле Мистик-ривер на юго-востоке Коннектикута, подожгла ее, и они все сгорели. Могущество индейцев, по крайней мере в Коннектикуте, было сломлено.
«Война Пекот», хоть и закончилась победой поселенцев, поставила белых в опасное положение. В 1643 году Массачусетс, Плимут, Коннектикут и Нью-Хейвен объединились в Конфедерацию Новой Англии, чтобы выступать против индейцев объединенным фронтом и решать пограничные споры между собой. (Радикальный Род-Айленд проигнорировали.) Этот союз, который продержался целое поколение, был первой попыткой отдельных колоний объединиться, чтобы справиться с общими проблемами.
Тем не менее в 40-х годах XVII века усилия по колонизации Америки начали слабеть. Во многом это объяснялось неприятностями на родине.
Пуритане набирали силу на промышленном многонаселенном юго-востоке Англии, приобретали все больше власти в парламенте, и их враждебность к Карлу I росла. Карл отвечал им такой же враждебностью и с 1629 до 1640 года отказывался созывать парламент.
Без парламента Карл испытывал трудности в сборе денег. Он был вынужден участвовать во всевозможных сомнительных экспедициях, которые просто увеличили его непопулярность. Затем, в 1639 году, восстали шотландцы. Карлу так нужны были деньги, что он был вынужден, даже вопреки своей воле, созвать заседание парламента. Парламент попытался использовать свой контроль над финансами, чтобы заставить Карла I пойти на уступки, и конфликт разгорелся.
К 1642 году уже шла настоящая гражданская война, и как король, так и парламент, собирали армии, чтобы вести сражения. Пуританский сквайр Оливер Кромвель сражался на стороне парламента и оказался необычайно способным генералом. К 1645 году стало ясно, что король потерпел поражение, и 30 января 1649 года ему отрубили голову. Англия осталась без короля на одиннадцать лет, к полному ужасу остальной Европы.
Английская гражданская война имела большое значение для эволюции колоний. Пока Англия была занята своими внутренними распрями, колониям предоставили самим заниматься своими делами. Даже Виргинии, королевской колонии, позволили на какое-то время выбрать своего собственного губернатора. Потом эту привычку к самоуправлению нельзя было полностью уничтожить, таким образом, был сделан еще один шаг к свободе.