Изучение его армейскими контрразведчиками показало, что он может быть использован в дальнейшем против немцев на негласной основе. В июле 1943 года после соответствующей подготовки он был переправлен через линию фронта под легендой агента, выполнившего «задание».
Немцы приняли его с радостью, наградили за заслуги и назначили командиром взвода в Смоленской диверсионной школе, присвоив ему офицерское звание германской армии. За время пребывания в школе Богданов склонил к сотрудничеству шесть агентов-диверсантов, которые после перехода линии фронта явились с повинной в органы ГБ.
В октябре 1943 года Богданова назначили руководителем группы для проведения карательной операции против партизан в районе Орши. Во время формирования группы он убедил ее командира Афанасьева перейти вместе с курсантами в партизаны. В результате в Руднянском лесу Богданов с Афанасьевым привели в 16-ю Белорусскую партизанскую бригаду 88 человек, которые в дальнейшем зарекомендовали себя только с положительной стороны в борьбе с фашистами.
По возвращении в органы Смерша Богданов сообщил установочные данные на 12 официальных сотрудников и 53 агентов Смоленской диверсионной школы.
В начале апреля 1943 года при обсуждении вопроса о реорганизации особых отделов НКВД и создании в системе НКО СССР специального органа военной контрразведки под названием Смерш своими соображениями поделился начальник Особого отдела НКВД Калининского фронта Н. Г. Ханников. Он говорил о важности деятельности отрядов народных мстителей, география которых постоянно ширилась, охватывая все новые и новые территории, оккупированные врагом. Он подчеркнул актуальность в необходимости обслуживания армейскими чекистами партизанских отрядов и устранения двойного подчинения работников особых отделов.
В феврале 1943 года генерал-майор Н. Г. Ханников доложил шифровкой В. С. Абакумову о том, что на участке обороны 8-й Гвардейской дивизии (бывшая 316-я Панфиловская дивизия. — Прим. авт.), входившей в состав Калининского фронта, немецкая разведка перебросила через линию фронта на советскую территорию трех агентов с коротковолновой приемно-передающей радиостанцией. Группа попала в переплет — она напоролась на смершевскую засаду и после перестрелки, поняв, что сопротивление бессмысленно, сложила оружие.
Первичный допрос показал, что абверовский разведцентр поставил перед ними задачу — пробраться в город Торопец, собрать сведения о военном гарнизоне, выяснить характер грузов, прибывающих на станцию, и производится ли переброска воинских частей по дорогам, ведущим к городам Холм и Великие Луки.